Positions of Restriction Endonucleases sites pLt_trp: phagemid construct w/ protein L(trp) B1 IgG binding domain starting at 2151, gene VIII, tac promoter. Nla IV BstU I HinP I Nla III Hha I BspH I || | || CAGGTGGCACTTTTCGGGGAAATGTGCGCGGAACCCCTATTTGTTTATTTTTCTAAATACATTCAAATATGTATCCGCTC 80 GTCCACCGTGAAAAGCCCCTTTACACGCGCCTTGGGGATAAACAAATAAAAAGATTTATGTAAGTTTATACATAGGCGAG ¥ ¥ || | ¥ ¥ ¥ ¥ || 26 79 26 80 27 30 Mbo II BsmA I Ssp I Ear I | | | ATGAGACAATAACCCTGATAAATGCTTCAATAATATTGAAAAAGGAAGAGTATGAGTATTCAACATTTCCGTGTCGCCCT 160 TACTCTGTTATTGGGACTATTTACGAAGTTATTATAACTTTTTCCTTCTCATACTCATAAGTTGTAAAGGCACAGCGGGA | ¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ ¥ ¥ 83 112 125 125 Sau3A I Mbo I Mbo II Eco57 I Fnu4H I Hph I Hph I SfaN I Dpn I | | | | | | | TATTCCCTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTGCTCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATC 240 ATAAGGGAAAAAACGCCGTAAAACGGAAGGACAAAAACGAGTGGGTCTTTGCGACCACTTTCATTTTCTACGACTTCTAG ¥ | ¥ ¥ | ¥ | ¥ | ¥ | | | ¥ 174 200 215 228 237 232 234 237 237 Sau3A I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I HgiA I BstY I Dpn I Mae II Bsp1286 I Taq I Alw I BstY I Xmn I ApaL I Mae III Bsr I NspB II Alw I Mbo II | | | | || | || | | | AGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAACTGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGT 320 TCAACCCACGTGCTCACCCAATGTAGCTTGACCTAGAGTTGTCGCCATTCTAGGAACTCTCAAAAGCGGGGCTTCTTGCA | ¥ |¥ | |¥ || ¥| || ¥ ¥ | | | ¥ 247 259 269 281 290 312 247 265 272 289 315 247 272 290 317 273 290 273 290 273 ScrF I Nci I Msp I Hpa II Dra I BstU I Bcn I HgiA I Mse I HinP I Hga I Bsp1286 I Hha I Aha II | || || | | TTTCCAATGATGAGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCCCGTATTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCGG 400 AAAGGTTACTACTCGTGAAAATTTCAAGACGATACACCGCGCCATAATAGGGCATAACTGCGGCCCGTTCTCGTTGAGCC ¥ | || ¥ ||¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ 332 358 378 332 340 358 378 339 359 382 382 382 382 382 Hph I Rsa I Mae III Nla III Fnu4H I Dde I Sca I Bsr I SfaN I Fok I | | || | | | | | | TCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTGGTTGAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAG 480 AGCGGCGTATGTGATAAGAGTCTTACTGAACCAACTCATGAGTGGTCAGTGTCTTTTCGTAGAATGCCTACCGTACTGTC | ¥ | ¥ ¥ || ¥| | | ¥ | ¥ | ¥ | ¥ 403 418 436 444 458 467 437 447 473 441 Mnl I Hae III Sau3A I Gdi II Mbo I Fnu4H I Eae I Dpn I Sau96 I Bbv I Nla III Fnu4H I Pvu I Ava II | | ||| || | | TAAGAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATCGGAGGACCG 560 ATTCTCTTAATACGTCACGACGGTATTGGTACTCACTATTGTGACGCCGGTTGAATGAAGACTGTTGCTAGCCTCCTGGC ¥ | ¥ |¥ ¥ ||| ¥ ¥ || ¥ | | ¥ 498 509 525 547 555 498 526 548 555 526 548 527 548 553 Sau3A I Mbo I Dpn I Sau3A I Msp I Alw I Mae III Mbo I Hpa II Alu I Nla III Nla III Dpn I Nla IV Alu I | | || | | | | | | AAGGAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACTCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGC 640 TTCCTCGATTGGCGAAAAAACGTGTTGTACCCCCTAGTACATTGAGCGGAACTAGCAACCCTTGGCCTCGACTTACTTCG | ¥ ¥ | ¥ || | | ¥ | | | | ¥ ¥ 565 587 597 612 620 628 593 600 612 624 594 612 624 594 594 HinP I Hha I Fsp I Bsr I Mae III SfaN I Mae II Mse I | | | || | | CATACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATGCCTGTAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTAC 720 GTATGGTTTGCTGCTCGCACTGTGGTGCTACGGACATCGTTACCGTTGTTGCAACGCGTTTGATAATTGACCGCTTGATG ¥ | ¥ | ¥ ¥ | || ¥ | | ¥ ¥ 658 668 690 705 694 708 695 695 Msp I Hpa II ScrF I Sau96 I Nci I Hae III Alu I Mse I Fok I Sau96 I HinP I Mae I Bcn I Ase I Bsr I Mnl I Ava II Hha I Bgl I | | || || | | | | | || TTACTCTAGCTTCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGCTCGGCCCTT 800 AATGAGATCGAAGGGCCGTTGTTAATTATCTGACCTACCTCCGCCTATTTCAACGTCCTGGTGAAGACGCGAGCCGGGAA | | ¥ || ¥ || ¥| | |¥ ¥ | ¥ | ¥ || ¥ 726 733 743 751 759 777 788 795 728 744 754 777 788 733 794 733 794 734 734 Msp I Hpa II Hae III Cfr10 I Bsr I Msp I Nla IV BstU I Fnu4H I Sau96 I Hpa II Gsu I Hph I BsmA I Bbv I Nla IV | | | || | | | | | ||| CCGGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCGGTGAGCGTGGGTCTCGCGGTATCATTGCAGCACTGGGGCCAGA 880 GGCCGACCGACCAAATAACGACTATTTAGACCTCGGCCACTCGCACCCAGAGCGCCATAGTAACGTCGTGACCCCGGTCT | ¥ ¥ |¥| || | ¥ | ¥ | ¥ | |¥ ||| ¥ 801 829 837 848 864 872 801 831 852 864 873 834 869 835 874 835 Dde I Sau3A I Ple I Mbo I Mnl I Hinf I Fok I Dpn I | | | | | TGGTAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTACACGACGGGGAGTCAGGCAACTATGGATGAACGAAATAGACAGATCGCTG 960 ACCATTCGGGAGGGCATAGCATCAATAGATGTGCTGCCCCTCAGTCCGTTGATACCTACTTGCTTTATCTGTCTAGCGAC |¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ | | ¥ 889 920 935 953 920 953 953 958 Mnl I Nla IV Mse I Ban I Mse I Mae III Dra I | | | | || AGATAGGTGCCTCACTGATTAAGCATTGGTAACTGTCAGACCAAGTTTACTCATATATACTTTAGATTGATTTAAAACTT 1040 TCTATCCACGGAGTGACTAATTCGTAACCATTGACAGTCTGGTTCAAATGAGTATATATGAAATCTAACTAAATTTTGAA | | |¥ |¥ ¥ ¥ ¥ ¥|| ¥ 966 979 989 1031 966 1032 970 Sau3A I Mae I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I Alw I Mse I Dpn I BstY I Dra I BstY I Mbo II Nla III Mae II Mse I Alw I Hph I BspH I Mse I | || || | | | || || | | CATTTTTAATTTAAAAGGATCTAGGTGAAGATCCTTTTTGATAATCTCATGACCAAAATCCCTTAACGTGAGTTTTCGTT 1120 GTAAAAATTAAATTTTCCTAGATCCACTTCTAGGAAAAACTATTAGAGTACTGGTTTTAGGGAATTGCACTCAAAAGCAA | || || ¥| | | || ¥ || ¥ ¥ | | ¥ ¥ 1046 1057 1064 1087 1103 1050 1057 1067 1088 1106 1051 1058 1069 1058 1070 1058 1070 1061 1070 1070 Sau3A I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I Sau3A I Mbo II Dpn I BstU I Tth111 II Hga I Mbo I BstY I Alw I HinP I Fnu4H I Dde I Dpn I Alw I BstY I Hha I Bbv I Tth111 II | | | || | || || | | | CCACTGAGCGTCAGACCCCGTAGAAAAGATCAAAGGATCTTCTTGAGATCCTTTTTTTCTGCGCGTAATCTGCTGCTTGC 1200 GGTGACTCGCAGTCTGGGGCATCTTTTCTAGTTTCCTAGAAGAACTCTAGGAAAAAAAGACGCGCATTAGACGACGAACG | | ¥ ¥ | ¥ || | ¥ || ¥ ¥|| ¥ | | | 1124 1148 1155 1166 1181 1192 1200 1128 1148 1155 1167 1181 1192 1148 1158 1167 1182 1194 1156 1167 1156 1167 1156 Sau3A I Mbo I Dpn I Alw I Msp I Eco57 I NspB II Hpa II Bsr I HgiE II Tth111 II Alu I Mae III | | | | || | | | | AAACAAAAAAACCACCGCTACCAGCGGTGGTTTGTTTGCCGGATCAAGAGCTACCAACTCTTTTTCCGAAGGTAACTGGC 1280 TTTGTTTTTTTGGTGGCGATGGTCGCCACCAAACAAACGGCCTAGTTCTCGATGGTTGAGAAAAAGGCTTCCATTGACCG ¥ | | ¥ | |¥|| |¥ ¥ ¥ | | | 1220 1233 1249 1272 1222 1239 1275 1239 1280 1241 1242 1242 1242 HinP I Hae III Hha I Mae I Hae I | | || TTCAGCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCTTCTAGTGTAGCCGTAGTTAGGCCACCACTTCAAGAACTCTGTAGCACC 1360 AAGTCGTCTCGCGTCTATGGTTTATGACAGGAAGATCACATCGGCATCAATCCGGTGGTGAAGTTCTTGAGACATCGTGG | ¥ ¥ | ¥ ¥|| ¥ ¥ ¥ 1290 1314 1331 1290 1332 Mme I ScrF I Fnu4H I Nci I AlwN I Fnu4H I Msp I Bsr I Bbv I Hpa II Ple I Mnl I Mae III Bbv I Bsr I Bcn I Hinf I | | || | | | | | | GCCTACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCTTACCGGGTTGGACT 1440 CGGATGTATGGAGCGAGACGATTAGGACAATGGTCACCGACGACGGTCACCGCTATTCAGCACAGAATGGCCCAACCTGA | ¥ | ¥ || | ¥| | ¥ ¥ |¥ | | ¥ 1370 1388 1398 1405 1429 1437 1392 1401 1429 1437 1393 1401 1429 1398 1429 1429 1433 NspB II Fnu4H I Msp I Bbv I HgiA I Hpa II HinP I Bsp1286 I Mae III Hha I ApaL I Alu I | | | || | | CAAGACGATAGTTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGTGCACACAGCCCAGCTTGGAGCGAACG 1520 GTTCTGCTATCAATGGCCTATTCCGCGTCGCCAGCCCGACTTGCCCCCCAAGCACGTGTGTCGGGTCGAACCTCGCTTGC ¥| | ¥ | || ¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ 1451 1464 1493 1506 1455 1464 1493 1455 1466 1493 1466 1467 HinP I Hha I Dde I Alu I Hae II | | || ACCTACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCTATGAGAAAGCGCCACGCTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTA 1600 TGGATGTGGCTTGACTCTATGGATGTCGCACTCGATACTCTTTCGCGGTGCGAAGGGCTTCCCTCTTTCCGCCTGTCCAT ¥ | ¥ ¥ | ¥ || ¥ ¥ ¥ ¥ 1533 1552 1563 1564 1564 Sec I ScrF I Mnl I EcoR II ScrF I Msp I Fnu4H I HinP I BstN I EcoR II Hpa II Mme I Hha I Alu I BstN I | | | | | | | | TCCGGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAGAGCGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCTTTATAGTCCTG 1680 AGGCCATTCGCCGTCCCAGCCTTGTCCTCTCGCGTGCTCCCTCGAAGGTCCCCCTTTGCGGACCATAGAAATATCAGGAC | |¥ | ¥ ¥| | ¥ | | ¥ | ¥ ¥ 1602 1617 1631 1642 1660 1602 1609 1631 1647 1660 1637 1647 1660 1647 1647 Drd I Taq I Mnl I Hga I SfaN I Nla IV | | | | | | TCGGGTTTCGCCACCTCTGACTTGAGCGTCGATTTTTGTGATGCTCGTCAGGGGGGCGGAGCCTATGGAAAAACGCCAGC 1760 AGCCCAAAGCGGTGGAGACTGAACTCGCAGCTAAAAACACTACGAGCAGTCCCCCCGCCTCGGATACCTTTTTGCGGTCG ¥ | |¥ | |¥ | ¥ | ¥ ¥ ¥ 1694 1706 1720 1738 1699 1709 Hae III Hae I ScrF I Nla III Hae III EcoR II NspH I Fnu4H I BstN I Hae III Nsp7524 I BstU I Nla IV Hae I Afl III Hinf I || | | | || || || | AACGCGGCCTTTTTACGGTTCCTGGCCTTTTGCTGGCCTTTTGCTCACATGTTCTTTCCTGCGTTATCCCCTGATTCTGT 1840 TTGCGCCGGAAAAATGCCAAGGACCGGAAAACGACCGGAAAACGAGTGTACAAGAAAGGACGCAATAGGGGACTAAGACA || | ¥ | ¥| || ¥ || ¥ || ¥ ¥ ¥ | ¥ 1763 1777 1794 1807 1833 1764 1781 1795 1807 1766 1781 1807 1781 1808 1783 1784 Ple I Fnu4H I Fnu4H I Bbv I Bbv I HinP I Alu I Fnu4H I Hha I Hinf I Mnl I | | | | | | | GGATAACCGTATTACCGCCTTTGAGTGAGCTGATACCGCTCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCG 1920 CCTATTGGCATAATGGCGGAAACTCACTCGACTATGGCGAGCGGCGTCGGCTTGCTGGCTCGCGTCGCTCAGTCACTCGC ¥ ¥ | ¥ ¥ | | ¥ ¥| | | ¥ | 1868 1882 1901 1908 1920 1885 1901 1885 1903 1903 1908 Gdi II HinP I Eae I Pvu II Hha I BstU I Fnu4H I Hae II HinP I Mse I Alu I Mbo II Hha I Hinf I Bbv I Fok I Ear I Mnl I BstU I Hae III Ase I NspB II Taq I | || | ||| || | || ||| | | AGGAAGCGGAAGAGCGCCCAATACGCAAACCGCCTCTCCCCGCGCGTTGGCCGATTCATTAATGCAGCTGaactcgacat 2000 TCCTTCGCCTTCTCGCGGGTTATGCGTTTGGCGGAGAGGGGCGCGCAACCGGCTAAGTAATTACGTCGACttgagctgta |¥ || ¥ ¥ | ¥||| ||¥ | ||¥ ||| ¥ | | ¥ 1929 1953 1961 1969 1978 1985 1994 1929 1962 1973 1984 1998 1933 1962 1979 1986 1934 1963 1984 1934 1968 1985 1968 Taq I Cla I Sau3A I Mse I Mbo I Ase I Dpn I HinC II Alw I | || |||| cccctgttgacaattaatcatcggctcgtataatgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacaggatc 2080 ggggacaactgttaattagtagccgagcatattacacaccttaacactcgcctattgttaaagtgtgtcctttgtcctag | ¥ || ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ ||||¥ 2006 2076 2013 2077 2014 2077 2077 2078 2079 Nla III Sty I Sec I Nco I Dsa I Gdi II Eae I Fnu4H I Mbo II Dde I Hae III Mae III | ||| || | | gatgaaaaaaactgctatcgctatcgctgttgctctggctggtttcgctactgttgctcaggcggCCATGGaagaagtaa 2160 ctactttttttgacgatagcgatagcgacaacgagaccgaccaaagcgatgacaacgagtccgccGGTACCttcttcatt ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ | ¥ ||| || ¥| | ¥ 2137 2144 2157 2142 2151 2143 2143 2146 2146 2146 2146 2147 Sau3A I Mbo I Dpn I Alw I Nla IV BstY I BamH I EcoR I Mae I Alu I Alw I Pst I Spe I | || | | || caatcaaagctaacctaatctttgcaaatggatccacacaaactgcagaattcaaaggaacatttgaaaaagcaactagt 2240 gttagtttcgattggattagaaacgtttacctaggtgtgtttgacgtcttaagtttccttgtaaactttttcgttgatca | ¥ ¥ || ¥ | | ¥ ¥ ¥ || ¥ 2168 2190 2203 2235 2190 2208 2236 2190 2190 2191 2191 2191 2191 Mae II Nsi I Taq I Ava III Sal I Alu I Nde I HinC II Mse I HinD III Mbo II Acc I Dra I || | | | || | || gaagcttatgcatatgcagatactttgaagaaagacaatggagaatggactgtcgacgttgcagataaaggttatacttt 2320 cttcgaatacgtatacgtctatgaaacttctttctgttacctcttacctgacagctgcaacgtctatttccaatatgaaa || | ¥| ¥ | ¥ ¥ ¥ || | ¥ ¥ ||¥ 2242 2267 2292 2318 2243 2251 2292 2319 2248 2292 2248 2293 2296 Sau3A I Mbo I Nla III Mae III Nsi I Mlu I Hph I Mse I Mse I Ava III Afl III Mnl I Dpn I Hae III Ssp I SfaN I Mnl I BstU I Dde I Alw I Fnu4H I | | || | | || | | || | | | | aaatattaaatttgctggatagatgcatggaggaaacgcgtgtgctgagggtgacgATCCCgcaAAAGCGGCcTTTAACT 2400 tttataatttaaacgacctatctacgtacctcctttgcgcacacgactcccactgcTAGGGcgtTTTCGCCGgAAATTGA | | ¥ ¥ || | | || ¥ | | || | ¥ | | | ¥ 2322 2342 2350 2357 2365 2376 2388 2326 2343 2356 2367 2376 2390 2343 2356 2370 2395 2346 2371 2376 2376 Dde I HinP I Mnl I Hha I || | CCCTGCAAGCCTCAGCGACCGAATATATCGGTTATGCGTGGGCGATGGTTGTTGTCATTGTCGGCGCAACTATCGGTATC 2480 GGGACGTTCGGAGTCGCTGGCTTATATAGCCAATACGCACCCGCTACCAACAACAGTAACAGCCGCGTTGATAGCCATAG || ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ | ¥ ¥ 2410 2464 2411 2464 Bsp1286 I Taq I Alu I Ban II Mse I Mnl I HinD III Alu I Hph I Alu I Taq I Taq I | | | | | | || | | | AAGCTGTTTAAGAAATTCACCTCGAAAGCAAGCtaaAGCttatcgagcccgcctaatgagcgggcttttttttcgatacc 2560 TTCGACAAATTCTTTAAGTGGAGCTTTCGTTCGattTCGaatagctcgggcggattactcgcccgaaaaaaaagctatgg | | ¥ | | | ¥| || ¥ | | ¥ ¥ ¥ | ¥ 2482 2497 2511 2523 2553 2488 2500 2516 2502 2517 2525 2525 ScrF I EcoR II BstN I Sau3A I Sau3A I Mbo I Mbo I Pvu I Dpn I BstU I Bgl I Alw I Sau96 I Nru I Fnu4H I Nla IV Hae III Sau3A I Bbv I BstY I Mnl I Mbo I HinP I BamH I Mbo II Dpn I Hha I Alw I Ear I Pvu I Dpn I Fsp I || | | | | || || || || | | gttcgGGATCCtggcgtaatagcgaagaggcccgcaccgatcgCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGC 2640 caagcCCTAGGaccgcattatcgcttctccgggcgtggctagcGCTAGCGGGAAGGGTTGTCAACGCGTCGGACTTACCG || | ¥ | | |¥ ||¥|| || ¥ ¥ || | | ¥ 2566 2584 2598 2605 2624 2566 2584 2599 2625 2566 2587 2599 2625 2566 2589 2599 2627 2567 2589 2601 2627 2567 2602 2630 2567 2604 2567 2605 2570 2605 2570 2570 HinP I Fnu4H I BstU I Fnu4H I Bbv I Hga I Mse I HinP I BstU I HinP I BstU I Hha I HinP I Hha I HinP I BstU I Hha I Hha I Fnu4H I Hha I Mae III Mae III || | || | | | ||| | || | | GAATGGCGCGACGCGCCCTGTAGCGGCGCATTAAGCGCGGCGGGTGTGGTGGTTACGCGCAGCGTGACCGCTACACTTGC 2720 CTTACCGCGCTGCGCGGGACATCGCCGCGTAATTCGCGCCGCCCACACCACCAATGCGCGTCGCACTGGCGATGTGAACG || | || ¥ | | ¥| ||| ¥ ¥ | || |¥ | ¥ ¥ 2646 2653 2663 2675 2692 2704 2646 2666 2675 2696 2647 2666 2676 2697 2650 2671 2697 2652 2677 2699 2653 2699 Msp I Mae I Hpa II HinP I HinP I Nae I Hha I Hha I Cfr10 I Hae II Hae II Mbo II Mae II Alu I || | || | | || | CAGCGCCCTAGCGCCCGCTCCTTTCGCTTTCTTCCCTTCCTTTCTCGCCACGTTCGCCGGCTTTCCCCGTCAAGCTCTAA 2800 GTCGCGGGATCGCGGGCGAGGAAAGCGAAAGAAGGGAAGGAAAGAGCGGTGCAAGCGGCCGAAAGGGGCAGTTCGAGATT || | || ¥ | ¥ | || ¥ ¥ | ¥ 2722 2730 2750 2770 2793 2723 2731 2776 2723 2731 2776 2728 2777 2777 Taq I Nla IV Mnl I Bsp1286 I Nla IV Mae II Ban II Nla IV Ban I Hph I Dra III || | | | | | || ATCGGGGGCTCCCTTTAGGGTTCCGATTTAGTGCTTTACGGCACCTCGACCCCAAAAAACTTGATTAGGGTGATGGTTCA 2880 TAGCCCCCGAGGGAAATCCCAAGGCTAAATCACGAAATGCCGTGGAGCTGGGGTTTTTTGAACTAATCCCACTACCAAGT || ¥ |¥ ¥ | | | ¥ ¥ |¥ || 2806 2819 2840 2869 2879 2806 2840 2880 2807 2844 2846 Ple I Mme I Hae III Mae II Mae II Ple I Sau96 I Drd I Hinf I Mse I Hinf I || || | | | | | CGTAGTGGGCCATCGCCCTGATAGACGGTTTTTCGCCCTTTGACGTTGGAGTCCACGTTCTTTAATAGTGGACTCTTGTT 2960 GCATCACCCGGTAGCGGGACTATCTGCCAAAAAGCGGGAAACTGCAACCTCAGGTGCAAGAAATTATCACCTGAGAACAA || ¥ ¥ ¥ ¥ || | |¥ | ¥ | ¥| ¥ 2887 2922 2929 2942 2951 2888 2923 2935 2951 2925 2929 Bsr I Hae III Mse I | | | CCAAACTGGAACAACACTCAACCCTATCTCGGTCTATTCTTTTGATTTATAAGGGATTTTGCCGATTTCGGCCTATTGGT 3040 GGTTTGACCTTGTTGTGAGTTGGGATAGAGCCAGATAAGAAAACTAAATATTCCCTAAAACGGCTAAAGCCGGATAACCA | ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ | | 2965 3030 3040 ScrF I EcoR II BstU I Mse I BstN I Alu I Mse I Mse I Mse I Ssp I Mae II Sec I | | | | | | | | || TAAAAAATGAGCTGATTTAACAAAAATTTAACGCGAATTTTAACAAAATATTAACGTTTACAATTTCC 3108 ATTTTTTACTCGACTAAATTGTTTTTAAATTGCGCTTAAAATTGTTTTATAATTGCAAATGTTAAAGG | | ¥ | ¥ | | | ¥| | ¥ || 3050 3057 3068 3080 3087 3094 3107 3072 3091 3108 3108 3108 Restriction Endonucleases site usage Aat II - Bsp1286 I 5 EcoR I 1 Mbo II 10 Rsa I 1 Acc I 1 BspH I 2 EcoR II 5 Mlu I 1 Rsr II - Afl II - BspM I - EcoR V - Mme I 3 Sac I - Afl III 2 BspM II - Esp I - Mnl I 15 Sac II - Aha II 1 Bsr I 9 Fnu4H I 21 Mse I 21 Sal I 1 Alu I 16 BssH II - Fok I 4 Msp I 10 Sau3A I 19 Alw I 14 BstB I - Fsp I 2 Nae I 1 Sau96 I 6 AlwN I 1 BstE II - Gdi II 3 Nar I - Sca I 1 Apa I - BstN I 5 Gsu I 1 Nci I 3 ScrF I 8 ApaL I 2 BstU I 14 Hae I 3 Nco I 1 Sec I 3 Ase I 3 BstX I - Hae II 4 Nde I 1 SfaN I 5 Asp718 - BstY I 8 Hae III 13 Nhe I - Sfi I - Ava I - Bsu36 I - Hga I 4 Nla III 9 Sma I - Ava II 2 Cfr10 I 2 HgiA I 3 Nla IV 12 SnaB I - Ava III 2 Cla I 1 HgiE II 1 Not I - Spe I 1 Avr II - Dde I 7 Hha I 21 Nru I 1 Sph I - Bal I - Dpn I 19 HinC II 2 Nsi I 2 Spl I - BamH I 2 Dra I 4 HinD III 2 Nsp7524 I 1 Ssp I 3 Ban I 2 Dra III 1 Hinf I 7 NspB II 4 Stu I - Ban II 2 Drd I 2 HinP I 21 NspH I 1 Sty I 1 Bbe I - Dsa I 1 Hpa I - PaeR7 I - Taq I 9 Bbv I 11 Eae I 3 Hpa II 10 PflM I - Tth111 I - Bbv II - Eag I - Hph I 8 Ple I 5 Tth111 II 3 Bcl I - Ear I 3 Kpn I - PmaC I - Xba I - Bcn I 3 Eco47 III - Mae I 5 PpuM I - Xca I - Bgl I 2 Eco57 I 2 Mae II 9 Pst I 1 Xho I - Bgl II - EcoN I - Mae III 12 Pvu I 3 Xma I - Bsm I - EcoO109 I - Mbo I 19 Pvu II 1 Xmn I 1 BsmA I 2 Enzyme Site Use Site position (Fragment length) Fragment order Acc I gt/mkac 1 2292( 3108) 1 Aha II gr/cgyc 1 378( 3108) 1 AlwN I cagnnn/ctg 1 1393( 3108) 1 Cla I at/cgat 1 2078( 3108) 1 Dra III cacnnn/gtg 1 2879( 3108) 1 Dsa I c/crygg 1 2146( 3108) 1 EcoR I g/aattc 1 2208( 3108) 1 Gsu I ctggag 16/14 1 829( 3108) 1 HgiE II accnnnnnnggt 1 1220( 3108) 1 Mlu I a/cgcgt 1 2356( 3108) 1 Nae I gcc/ggc 1 2776( 3108) 1 Nco I c/catgg 1 2146( 3108) 1 Nde I ca/tatg 1 2251( 3108) 1 Nru I tcg/cga 1 2601( 3108) 1 Nsp7524 I r/catgy 1 1807( 3108) 1 NspH I rcatg/y 1 1807( 3108) 1 Pst I ctgca/g 1 2203( 3108) 1 Pvu II cag/ctg 1 1985( 3108) 1 Rsa I gt/ac 1 437( 3108) 1 Sal I g/tcgac 1 2292( 3108) 1 Sca I agt/act 1 436( 3108) 1 Spe I a/ctagt 1 2235( 3108) 1 Sty I c/cwwgg 1 2146( 3108) 1 Xmn I gaann/nnttc 1 315( 3108) 1 Afl III a/crygt 2 1807( 549) 2 2356( 2559) 1 ApaL I g/tgcac 2 247( 1246) 2 1493( 1862) 1 Ava II g/gwcc 2 555( 222) 2 777( 2886) 1 Ava III atgcat 2 2248( 95) 2 2343( 3013) 1 BamH I g/gatcc 2 2190( 376) 2 2566( 2732) 1 Ban I g/gyrcc 2 966( 1874) 1 2840( 1234) 2 Ban II grgcy/c 2 2525( 281) 2 2806( 2827) 1 Bgl I gccnnnn/nggc 2 795( 1835) 1 2630( 1273) 2 BsmA I gtctc 1/5 2 83( 765) 2 848( 2343) 1 BspH I t/catga 2 79( 1008) 2 1087( 2100) 1 Cfr10 I r/ccggy 2 834( 1942) 1 2776( 1166) 2 Drd I gacnnnn/nngtc 2 1699( 1223) 2 2922( 1885) 1 Eco57 I ctgaag 16/14 2 232( 1048) 2 1280( 2060) 1 Fsp I tgc/gca 2 694( 1930) 1 2624( 1178) 2 HinC II gty/rac 2 2006( 286) 2 2292( 2822) 1 HinD III a/agctt 2 2242( 274) 2 2516( 2834) 1 Nsi I atgca/t 2 2248( 95) 2 2343( 3013) 1 Ase I at/taat 3 743( 1235) 2 1978( 35) 3 2013( 1838) 1 Bcn I ccs/gg 3 382( 351) 3 733( 696) 2 1429( 2061) 1 Eae I y/ggccr 3 526( 1442) 2 1968( 175) 3 2143( 1491) 1 Ear I ctcttc 1/4 3 125( 1804) 1 1929( 655) 2 2584( 649) 3 Gdi II yggccg -5/-1 3 526( 1442) 2 1968( 175) 3 2143( 1491) 1 Hae I wgg/ccw 3 1331( 452) 2 1783( 11) 3 1794( 2645) 1 HgiA I gwgcw/c 3 247( 85) 3 332( 1161) 2 1493( 1862) 1 Mme I tccrac 20/18 3 1433( 184) 3 1617( 1308) 2 2925( 1616) 1 Nci I cc/sgg 3 382( 351) 3 733( 696) 2 1429( 2061) 1 Pvu I cgat/cg 3 547( 2051) 1 2598( 6) 3 2604( 1051) 2 Sec I c/cnngg 3 1647( 499) 3 2146( 961) 2 3107( 1648) 1 Ssp I aat/att 3 112( 2210) 1 2322( 765) 2 3087( 133) 3 Tth111 II caarca 11/9 3 1194( 6) 3 1200( 33) 2 1233( 3069) 1 Dra I ttt/aaa 4 339( 692) 3 1031( 19) 4 1050( 1268) 1 2318( 1129) 2 Fok I ggatg 9/13 4 467( 287) 3 754( 181) 4 935( 1063) 2 1998( 1577) 1 Hae II rgcgc/y 4 1563( 370) 3 1933( 789) 2 2722( 8) 4 2730( 1941) 1 Hga I gacgc 5/10 4 378( 750) 3 1128( 578) 4 1706( 944) 1 2650( 836) 2 NspB II cmg/ckg 4 281( 941) 2 1222( 245) 4 1467( 518) 3 1985( 1404) 1 Bsp1286 I gdgch/c 5 247( 85) 5 332( 1161) 1 1493( 1032) 2 2525( 281) 4 2806( 549) 3 BstN I cc/wgg 5 1647( 13) 5 1660( 121) 4 1781( 789) 2 2570( 538) 3 3108( 1647) 1 EcoR II /ccwgg 5 1647( 13) 5 1660( 121) 4 1781( 789) 2 2570( 538) 3 3108( 1647) 1 Mae I c/tag 5 726( 335) 4 1061( 253) 5 1314( 922) 2 2236( 492) 3 2728( 1106) 1 Ple I gagtc 4/5 5 920( 517) 3 1437( 471) 4 1908( 1021) 2 2929( 22) 5 2951( 1077) 1 SfaN I gcatc 5/9 5 228( 230) 4 458( 210) 5 668( 1052) 1 1720( 622) 3 2342( 994) 2 Sau96 I g/gncc 6 555( 222) 4 777( 17) 6 794( 79) 5 873( 1716) 1 2589( 298) 3 2887( 776) 2 Dde I c/tnag 7 418( 540) 3 958( 166) 6 1124( 409) 4 1533( 604) 2 2137( 228) 5 2365( 46) 7 2411( 1115) 1 Hinf I g/antc 7 920( 517) 3 1437( 396) 4 1833( 75) 5 1908( 65) 6 1973( 956) 2 2929( 22) 7 2951( 1077) 1 BstY I r/gatcy 8 272( 17) 6 289( 768) 3 1057( 12) 7 1069( 86) 5 1155( 11) 8 1166( 1024) 1 2190( 376) 4 2566( 814) 2 Hph I ggtga 8/7 8 200( 15) 8 215( 226) 6 441( 396) 3 837( 227) 5 1064( 1306) 1 2370( 127) 7 2497( 372) 4 2869( 439) 2 ScrF I cc/ngg 8 382( 351) 5 733( 696) 2 1429( 218) 6 1647( 13) 8 1660( 121) 7 1781( 789) 1 2570( 538) 3 3108( 382) 4 Bsr I actgg 1/-1 9 269( 175) 5 444( 264) 4 708( 43) 8 751( 118) 6 869( 406) 3 1275( 117) 7 1392( 13) 9 1405( 1560) 1 2965( 412) 2 Mae II a/cgt 9 317( 373) 4 690( 416) 3 1106( 1190) 1 2296( 474) 2 2770( 110) 7 2880( 43) 8 2923( 12) 9 2935( 159) 6 3094( 331) 5 Nla III catg/ 9 80( 393) 4 473( 36) 8 509( 78) 7 587( 10) 9 597( 491) 3 1088( 720) 2 1808( 339) 5 2147( 199) 6 2346( 842) 1 Taq I t/cga 9 265( 1444) 1 1709( 285) 4 1994( 85) 7 2079( 214) 5 2293( 209) 6 2502( 21) 9 2523( 30) 8 2553( 293) 3 2846( 527) 2 Hpa II c/cgg 10 382( 242) 4 624( 110) 7 734( 67) 8 801( 34) 9 835( 404) 3 1239( 190) 5 1429( 26)10 1455( 147) 6 1602( 1175) 1 2777( 713) 2 Mbo II gaaga 8/7 10 125( 109) 8 234( 78)10 312( 755) 2 1067( 91) 9 1158( 771) 1 1929( 222) 5 2151( 116) 7 2267( 317) 4 2584( 166) 6 2750( 483) 3 Msp I c/cgg 10 382( 242) 4 624( 110) 7 734( 67) 8 801( 34) 9 835( 404) 3 1239( 190) 5 1429( 26)10 1455( 147) 6 1602( 1175) 1 2777( 713) 2 Bbv I gcagc 8/12 11 498( 366) 4 864( 328) 5 1192( 206) 6 1398( 3)11 1401( 65) 9 1466( 419) 3 1885( 18)10 1903( 81) 7 1984( 643) 2 2627( 72) 8 2699( 907) 1 Mae III /gtnac 12 259( 188) 7 447( 153) 8 600( 58)11 658( 331) 3 989( 283) 5 1272( 116) 9 1388( 63)10 1451( 706) 1 2157( 214) 6 2371( 321) 4 2692( 12)12 2704( 663) 2 Nla IV ggn/ncc 12 30( 590) 2 620( 211) 7 831( 41) 9 872( 94) 8 966( 772) 1 1738( 39)10 1777( 413) 3 2190( 376) 4 2566( 241) 6 2807( 12)12 2819( 21)11 2840( 298) 5 Hae III gg/cc 13 527( 267) 5 794( 80)11 874( 458) 2 1332( 434) 3 1766( 18)12 1784( 11)13 1795( 174) 9 1969( 175) 8 2144( 246) 6 2390( 199) 7 2589( 299) 4 2888( 142)10 3030( 605) 1 Alw I ggatc 4/5 14 272( 18)10 290( 303) 4 593( 464) 3 1057( 13)11 1070( 85) 8 1155( 12)12 1167( 74) 9 1241( 835) 1 2076( 114) 7 2190( 1)13 2191( 185) 6 2376( 190) 5 2566( 1)14 2567( 813) 2 BstU I cg/cg 14 27( 332) 5 359( 493) 2 852( 330) 6 1182( 581) 1 1763( 198) 8 1961( 2)14 1963( 394) 3 2357( 245) 7 2602( 45)10 2647( 5)13 2652( 24)11 2676( 20)12 2696( 376) 4 3072( 63) 9 Mnl I cctc 7/7 15 553( 206) 7 759( 130) 8 889( 81)11 970( 400) 2 1370( 267) 4 1637( 57)12 1694( 226) 6 1920( 33)14 1953( 397) 3 2350( 17)15 2367( 43)13 2410( 90) 9 2500( 87)10 2587( 257) 5 2844( 817) 1 Alu I ag/ct 16 565( 63)13 628( 100)10 728( 521) 2 1249( 257) 4 1506( 46)14 1552( 90)11 1642( 226) 7 1868( 118) 9 1986( 182) 8 2168( 75)12 2243( 239) 6 2482( 29)15 2511( 6)16 2517( 276) 3 2793( 257) 5 3050( 623) 1 Dpn I ga/tc 19 237( 36)12 273( 17)15 290( 258) 4 548( 46)11 594( 18)14 612( 341) 3 953( 105) 8 1058( 12)16 1070( 78) 9 1148( 8)18 1156( 11)17 1167( 75)10 1242( 835) 1 2077( 114) 7 2191( 185) 6 2376( 191) 5 2567( 32)13 2599( 6)19 2605( 740) 2 Mbo I /gatc 19 237( 36)12 273( 17)15 290( 258) 4 548( 46)11 594( 18)14 612( 341) 3 953( 105) 8 1058( 12)16 1070( 78) 9 1148( 8)18 1156( 11)17 1167( 75)10 1242( 835) 1 2077( 114) 7 2191( 185) 6 2376( 191) 5 2567( 32)13 2599( 6)19 2605( 740) 2 Sau3A I /gatc 19 237( 36)12 273( 17)15 290( 258) 4 548( 46)11 594( 18)14 612( 341) 3 953( 105) 8 1058( 12)16 1070( 78) 9 1148( 8)18 1156( 11)17 1167( 75)10 1242( 835) 1 2077( 114) 7 2191( 185) 6 2376( 191) 5 2567( 32)13 2599( 6)19 2605( 740) 2 Fnu4H I gc/ngc 21 174( 229) 6 403( 95)12 498( 27)16 525( 339) 2 864( 328) 3 1192( 206) 7 1398( 3)20 1401( 65)14 1466( 143)10 1609( 155) 9 1764( 118)11 1882( 3)21 1885( 18)18 1903( 81)13 1984( 158) 8 2142( 246) 4 2388( 239) 5 2627( 36)15 2663( 14)19 2677( 22)17 2699( 583) 1 Hha I gcg/c 21 26( 332) 5 358( 337) 4 695( 93)11 788( 393) 3 1181( 109) 9 1290( 174) 7 1464( 100)10 1564( 67)12 1631( 270) 6 1901( 33)13 1934( 28)14 1962( 502) 1 2464( 161) 8 2625( 21)17 2646( 7)21 2653( 13)18 2666( 9)19 2675( 22)16 2697( 26)15 2723( 8)20 2731( 403) 2 HinP I g/cgc 21 26( 332) 5 358( 337) 4 695( 93)11 788( 393) 3 1181( 109) 9 1290( 174) 7 1464( 100)10 1564( 67)12 1631( 270) 6 1901( 33)13 1934( 28)14 1962( 502) 1 2464( 161) 8 2625( 21)17 2646( 7)21 2653( 13)18 2666( 9)19 2675( 22)16 2697( 26)15 2723( 8)20 2731( 403) 2 Mse I t/taa 21 340( 365) 2 705( 39)13 744( 235) 6 979( 53)11 1032( 14)16 1046( 5)21 1051( 52)12 1103( 876) 1 1979( 35)14 2014( 305) 4 2319( 7)20 2326( 69)10 2395( 93) 9 2488( 183) 7 2671( 271) 5 2942( 98) 8 3040( 17)15 3057( 11)18 3068( 12)17 3080( 11)19 3091( 357) 3 505 sites found No Sites found for the following Restriction Endonucleases Aat II gacgt/c BstE II g/gtnacc PmaC I cac/gtg Afl II c/ttaag BstX I ccannnnn/ntgg PpuM I rg/gwccy Apa I gggcc/c Bsu36 I cc/tnagg Rsr II cg/gwccg Asp718 g/gtacc Eag I c/ggccg Sac I gagct/c Ava I c/ycgrg Eco47 III agc/gct Sac II ccgc/gg Avr II c/ctagg EcoN I cctnn/nnnagg Sfi I ggccnnnn/nggcc Bal I tgg/cca EcoO109 I rg/gnccy Sma I ccc/ggg Bbe I ggcgc/c EcoR V gat/atc SnaB I tac/gta Bbv II gaagac 2/6 Esp I gc/tnagc Sph I gcatg/c Bcl I t/gatca Hpa I gtt/aac Spl I c/gtacg Bgl II a/gatct Kpn I ggtac/c Stu I agg/cct Bsm I gaatgc 1/-1 Nar I gg/cgcc Tth111 I gacn/nngtc BspM I acctgc 4/8 Nhe I g/ctagc Xba I t/ctaga BspM II t/ccgga Not I gc/ggccgc Xca I gta/tac BssH II g/cgcgc PaeR7 I c/tcgag Xho I c/tcgag BstB I tt/cgaa PflM I ccannnn/ntgg Xma I c/ccggg