Positions of Restriction Endonucleases sites pSH2t: phagemid construct w/ SH2, gene VIII, tac promoter. Nla IV BstU I HinP I Nla III Hha I BspH I || | || CAGGTGGCACTTTTCGGGGAAATGTGCGCGGAACCCCTATTTGTTTATTTTTCTAAATACATTCAAATATGTATCCGCTC 80 GTCCACCGTGAAAAGCCCCTTTACACGCGCCTTGGGGATAAACAAATAAAAAGATTTATGTAAGTTTATACATAGGCGAG ¥ ¥ || | ¥ ¥ ¥ ¥ || 26 79 26 80 27 30 Mbo II BsmA I Ssp I Ear I | | | ATGAGACAATAACCCTGATAAATGCTTCAATAATATTGAAAAAGGAAGAGTATGAGTATTCAACATTTCCGTGTCGCCCT 160 TACTCTGTTATTGGGACTATTTACGAAGTTATTATAACTTTTTCCTTCTCATACTCATAAGTTGTAAAGGCACAGCGGGA | ¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ ¥ ¥ 83 112 125 125 Sau3A I Mbo I Mbo II Eco57 I Fnu4H I Hph I Hph I SfaN I Dpn I | | | | | | | TATTCCCTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTGCTCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATC 240 ATAAGGGAAAAAACGCCGTAAAACGGAAGGACAAAAACGAGTGGGTCTTTGCGACCACTTTCATTTTCTACGACTTCTAG ¥ | ¥ ¥ | ¥ | ¥ | ¥ | | | ¥ 174 200 215 228 237 232 234 237 237 Sau3A I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I HgiA I BstY I Dpn I Mae II Bsp1286 I Taq I Alw I BstY I Xmn I ApaL I Mae III Bsr I NspB II Alw I Mbo II | | | | || | || | | | AGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAACTGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGT 320 TCAACCCACGTGCTCACCCAATGTAGCTTGACCTAGAGTTGTCGCCATTCTAGGAACTCTCAAAAGCGGGGCTTCTTGCA | ¥ |¥ | |¥ || ¥| || ¥ ¥ | | | ¥ 247 259 269 281 290 312 247 265 272 289 315 247 272 290 317 273 290 273 290 273 ScrF I Nci I Msp I Hpa II Dra I BstU I Bcn I HgiA I Mse I HinP I Hga I Bsp1286 I Hha I Aha II | || || | | TTTCCAATGATGAGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCCCGTATTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCGG 400 AAAGGTTACTACTCGTGAAAATTTCAAGACGATACACCGCGCCATAATAGGGCATAACTGCGGCCCGTTCTCGTTGAGCC ¥ | || ¥ ||¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ 332 358 378 332 340 358 378 339 359 382 382 382 382 382 Hph I Rsa I Mae III Nla III Fnu4H I Dde I Sca I Bsr I SfaN I Fok I | | || | | | | | | TCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTGGTTGAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAG 480 AGCGGCGTATGTGATAAGAGTCTTACTGAACCAACTCATGAGTGGTCAGTGTCTTTTCGTAGAATGCCTACCGTACTGTC | ¥ | ¥ ¥ || ¥| | | ¥ | ¥ | ¥ | ¥ 403 418 436 444 458 467 437 447 473 441 Mnl I Hae III Sau3A I Gdi II Mbo I Fnu4H I Eae I Dpn I Sau96 I Bbv I Nla III Fnu4H I Pvu I Ava II | | ||| || | | TAAGAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATCGGAGGACCG 560 ATTCTCTTAATACGTCACGACGGTATTGGTACTCACTATTGTGACGCCGGTTGAATGAAGACTGTTGCTAGCCTCCTGGC ¥ | ¥ |¥ ¥ ||| ¥ ¥ || ¥ | | ¥ 498 509 525 547 555 498 526 548 555 526 548 527 548 553 Sau3A I Mbo I Dpn I Sau3A I Msp I Alw I Mae III Mbo I Hpa II Alu I Nla III Nla III Dpn I Nla IV Alu I | | || | | | | | | AAGGAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACTCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGC 640 TTCCTCGATTGGCGAAAAAACGTGTTGTACCCCCTAGTACATTGAGCGGAACTAGCAACCCTTGGCCTCGACTTACTTCG | ¥ ¥ | ¥ || | | ¥ | | | | ¥ ¥ 565 587 597 612 620 628 593 600 612 624 594 612 624 594 594 HinP I Hha I Fsp I Bsr I Mae III SfaN I Mae II Mse I | | | || | | CATACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATGCCTGTAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTAC 720 GTATGGTTTGCTGCTCGCACTGTGGTGCTACGGACATCGTTACCGTTGTTGCAACGCGTTTGATAATTGACCGCTTGATG ¥ | ¥ | ¥ ¥ | || ¥ | | ¥ ¥ 658 668 690 705 694 708 695 695 Msp I Hpa II ScrF I Sau96 I Nci I Hae III Alu I Mse I Fok I Sau96 I HinP I Mae I Bcn I Ase I Bsr I Mnl I Ava II Hha I Bgl I | | || || | | | | | || TTACTCTAGCTTCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGCTCGGCCCTT 800 AATGAGATCGAAGGGCCGTTGTTAATTATCTGACCTACCTCCGCCTATTTCAACGTCCTGGTGAAGACGCGAGCCGGGAA | | ¥ || ¥ || ¥| | |¥ ¥ | ¥ | ¥ || ¥ 726 733 743 751 759 777 788 795 728 744 754 777 788 733 794 733 794 734 734 Msp I Hpa II Hae III Cfr10 I Bsr I Msp I Nla IV BstU I Fnu4H I Sau96 I Hpa II Gsu I Hph I BsmA I Bbv I Nla IV | | | || | | | | | ||| CCGGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCGGTGAGCGTGGGTCTCGCGGTATCATTGCAGCACTGGGGCCAGA 880 GGCCGACCGACCAAATAACGACTATTTAGACCTCGGCCACTCGCACCCAGAGCGCCATAGTAACGTCGTGACCCCGGTCT | ¥ ¥ |¥| || | ¥ | ¥ | ¥ | |¥ ||| ¥ 801 829 837 848 864 872 801 831 852 864 873 834 869 835 874 835 Dde I Sau3A I Ple I Mbo I Mnl I Hinf I Fok I Dpn I | | | | | TGGTAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTACACGACGGGGAGTCAGGCAACTATGGATGAACGAAATAGACAGATCGCTG 960 ACCATTCGGGAGGGCATAGCATCAATAGATGTGCTGCCCCTCAGTCCGTTGATACCTACTTGCTTTATCTGTCTAGCGAC |¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ | | ¥ 889 920 935 953 920 953 953 958 Mnl I Nla IV Mse I Ban I Mse I Mae III Dra I | | | | || AGATAGGTGCCTCACTGATTAAGCATTGGTAACTGTCAGACCAAGTTTACTCATATATACTTTAGATTGATTTAAAACTT 1040 TCTATCCACGGAGTGACTAATTCGTAACCATTGACAGTCTGGTTCAAATGAGTATATATGAAATCTAACTAAATTTTGAA | | |¥ |¥ ¥ ¥ ¥ ¥|| ¥ 966 979 989 1031 966 1032 970 Sau3A I Mae I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I Alw I Mse I Dpn I BstY I Dra I BstY I Mbo II Nla III Mae II Mse I Alw I Hph I BspH I Mse I | || || | | | || || | | CATTTTTAATTTAAAAGGATCTAGGTGAAGATCCTTTTTGATAATCTCATGACCAAAATCCCTTAACGTGAGTTTTCGTT 1120 GTAAAAATTAAATTTTCCTAGATCCACTTCTAGGAAAAACTATTAGAGTACTGGTTTTAGGGAATTGCACTCAAAAGCAA | || || ¥| | | || ¥ || ¥ ¥ | | ¥ ¥ 1046 1057 1064 1087 1103 1050 1057 1067 1088 1106 1051 1058 1069 1058 1070 1058 1070 1061 1070 1070 Sau3A I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I Sau3A I Mbo II Dpn I BstU I Tth111 II Hga I Mbo I BstY I Alw I HinP I Fnu4H I Dde I Dpn I Alw I BstY I Hha I Bbv I Tth111 II | | | || | || || | | | CCACTGAGCGTCAGACCCCGTAGAAAAGATCAAAGGATCTTCTTGAGATCCTTTTTTTCTGCGCGTAATCTGCTGCTTGC 1200 GGTGACTCGCAGTCTGGGGCATCTTTTCTAGTTTCCTAGAAGAACTCTAGGAAAAAAAGACGCGCATTAGACGACGAACG | | ¥ ¥ | ¥ || | ¥ || ¥ ¥|| ¥ | | | 1124 1148 1155 1166 1181 1192 1200 1128 1148 1155 1167 1181 1192 1148 1158 1167 1182 1194 1156 1167 1156 1167 1156 Sau3A I Mbo I Dpn I Alw I Msp I Eco57 I NspB II Hpa II Bsr I HgiE II Tth111 II Alu I Mae III | | | | || | | | | AAACAAAAAAACCACCGCTACCAGCGGTGGTTTGTTTGCCGGATCAAGAGCTACCAACTCTTTTTCCGAAGGTAACTGGC 1280 TTTGTTTTTTTGGTGGCGATGGTCGCCACCAAACAAACGGCCTAGTTCTCGATGGTTGAGAAAAAGGCTTCCATTGACCG ¥ | | ¥ | |¥|| |¥ ¥ ¥ | | | 1220 1233 1249 1272 1222 1239 1275 1239 1280 1241 1242 1242 1242 HinP I Hae III Hha I Mae I Hae I | | || TTCAGCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCTTCTAGTGTAGCCGTAGTTAGGCCACCACTTCAAGAACTCTGTAGCACC 1360 AAGTCGTCTCGCGTCTATGGTTTATGACAGGAAGATCACATCGGCATCAATCCGGTGGTGAAGTTCTTGAGACATCGTGG | ¥ ¥ | ¥ ¥|| ¥ ¥ ¥ 1290 1314 1331 1290 1332 Mme I ScrF I Fnu4H I Nci I AlwN I Fnu4H I Msp I Bsr I Bbv I Hpa II Ple I Mnl I Mae III Bbv I Bsr I Bcn I Hinf I | | || | | | | | | GCCTACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCTTACCGGGTTGGACT 1440 CGGATGTATGGAGCGAGACGATTAGGACAATGGTCACCGACGACGGTCACCGCTATTCAGCACAGAATGGCCCAACCTGA | ¥ | ¥ || | ¥| | ¥ ¥ |¥ | | ¥ 1370 1388 1398 1405 1429 1437 1392 1401 1429 1437 1393 1401 1429 1398 1429 1429 1433 NspB II Fnu4H I Msp I Bbv I HgiA I Hpa II HinP I Bsp1286 I Mae III Hha I ApaL I Alu I | | | || | | CAAGACGATAGTTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGTGCACACAGCCCAGCTTGGAGCGAACG 1520 GTTCTGCTATCAATGGCCTATTCCGCGTCGCCAGCCCGACTTGCCCCCCAAGCACGTGTGTCGGGTCGAACCTCGCTTGC ¥| | ¥ | || ¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ 1451 1464 1493 1506 1455 1464 1493 1455 1466 1493 1466 1467 HinP I Hha I Dde I Alu I Hae II | | || ACCTACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCTATGAGAAAGCGCCACGCTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTA 1600 TGGATGTGGCTTGACTCTATGGATGTCGCACTCGATACTCTTTCGCGGTGCGAAGGGCTTCCCTCTTTCCGCCTGTCCAT ¥ | ¥ ¥ | ¥ || ¥ ¥ ¥ ¥ 1533 1552 1563 1564 1564 Sec I ScrF I Mnl I EcoR II ScrF I Msp I Fnu4H I HinP I BstN I EcoR II Hpa II Mme I Hha I Alu I BstN I | | | | | | | | TCCGGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAGAGCGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCTTTATAGTCCTG 1680 AGGCCATTCGCCGTCCCAGCCTTGTCCTCTCGCGTGCTCCCTCGAAGGTCCCCCTTTGCGGACCATAGAAATATCAGGAC | |¥ | ¥ ¥| | ¥ | | ¥ | ¥ ¥ 1602 1617 1631 1642 1660 1602 1609 1631 1647 1660 1637 1647 1660 1647 1647 Drd I Taq I Mnl I Hga I SfaN I Nla IV | | | | | | TCGGGTTTCGCCACCTCTGACTTGAGCGTCGATTTTTGTGATGCTCGTCAGGGGGGCGGAGCCTATGGAAAAACGCCAGC 1760 AGCCCAAAGCGGTGGAGACTGAACTCGCAGCTAAAAACACTACGAGCAGTCCCCCCGCCTCGGATACCTTTTTGCGGTCG ¥ | |¥ | |¥ | ¥ | ¥ ¥ ¥ 1694 1706 1720 1738 1699 1709 Hae III Hae I ScrF I Nla III Hae III EcoR II NspH I Fnu4H I BstN I Hae III Nsp7524 I BstU I Nla IV Hae I Afl III Hinf I || | | | || || || | AACGCGGCCTTTTTACGGTTCCTGGCCTTTTGCTGGCCTTTTGCTCACATGTTCTTTCCTGCGTTATCCCCTGATTCTGT 1840 TTGCGCCGGAAAAATGCCAAGGACCGGAAAACGACCGGAAAACGAGTGTACAAGAAAGGACGCAATAGGGGACTAAGACA || | ¥ | ¥| || ¥ || ¥ || ¥ ¥ ¥ | ¥ 1763 1777 1794 1807 1833 1764 1781 1795 1807 1766 1781 1807 1781 1808 1783 1784 Ple I Fnu4H I Fnu4H I Bbv I Bbv I HinP I Alu I Fnu4H I Hha I Hinf I Mnl I | | | | | | | GGATAACCGTATTACCGCCTTTGAGTGAGCTGATACCGCTCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCG 1920 CCTATTGGCATAATGGCGGAAACTCACTCGACTATGGCGAGCGGCGTCGGCTTGCTGGCTCGCGTCGCTCAGTCACTCGC ¥ ¥ | ¥ ¥ | | ¥ ¥| | | ¥ | 1868 1882 1901 1908 1920 1885 1901 1885 1903 1903 1908 Gdi II HinP I Eae I Pvu II Hha I BstU I Fnu4H I Hae II HinP I Mse I Alu I Mbo II Hha I Hinf I Bbv I Fok I Ear I Mnl I BstU I Hae III Ase I NspB II Taq I | || | ||| || | || ||| | | AGGAAGCGGAAGAGCGCCCAATACGCAAACCGCCTCTCCCCGCGCGTTGGCCGATTCATTAATGCAGCTGaactcgacat 2000 TCCTTCGCCTTCTCGCGGGTTATGCGTTTGGCGGAGAGGGGCGCGCAACCGGCTAAGTAATTACGTCGACttgagctgta |¥ || ¥ ¥ | ¥||| ||¥ | ||¥ ||| ¥ | | ¥ 1929 1953 1961 1969 1978 1985 1994 1929 1962 1973 1984 1998 1933 1962 1979 1986 1934 1963 1984 1934 1968 1985 1968 Taq I Cla I Sau3A I Mse I Mbo I Ase I Dpn I HinC II Alw I | || |||| cccctgttgacaattaatcatcggctcgtataatgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacaggatc 2080 ggggacaactgttaattagtagccgagcatattacacaccttaacactcgcctattgttaaagtgtgtcctttgtcctag | ¥ || ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ ||||¥ 2006 2076 2013 2077 2014 2077 2077 2078 2079 Nla III Sty I Sec I Nco I Dsa I Gdi II Eae I Fnu4H I Dde I Hae III | ||| || gatgaaaaaaactgctatcgctatcgctgttgctctggctggtttcgctactgttgctcaggcggCcatgggagcgaaca 2160 ctactttttttgacgatagcgatagcgacaacgagaccgaccaaagcgatgacaacgagtccgccGgtaccctcgcttgt ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ | ¥ ||| || ¥ ¥ 2137 2144 2142 2143 2143 2146 2146 2146 2146 2147 ScrF I Nci I Msp I Xma I Sma I Sec I ScrF I Nci I Bcn I Ava I HinP I Hha I Nla IV Nar I Bsp1286 I ScrF I Hpa II Ban II EcoR II Nla IV Alu I Hae II Gsu I ScrF I AlwN I Bbe I ScrF I EcoR II Fnu4H I Ban I EcoR II BstN I Fnu4H I BstU I Bbv I Aha II BstN I Sec I Mbo II Dde I Hga I Fnu4H I BstN I Bcn I || || || | | | | | | ||| | || || gcctggagcccgaaccctggttcttcaagaacctgagccgcaaggacgcggagcggcagctcctggcgcccgggaacact 2240 cggacctcgggcttgggaccaagaagttcttggactcggcgttcctgcgcctcgccgtcgaggaccgcgggcccttgtga || || ¥ || ¥ | ¥ | | ¥ | | ¥ | ||| ¥ | || || ¥ 2162 2175 2182 2193 2205 2213 2222 2230 2162 2176 2197 2207 2216 2225 2162 2176 2216 2225 2163 2176 2217 2225 2165 2218 2225 2166 2222 2166 2222 2230 2225 2225 2226 2226 2229 2229 2229 2229 2229 2229 2229 2230 2230 2230 Sau3A I Mbo I ScrF I ScrF I BstU I Nci I Nci I Sec I Msp I Msp I Sac II Hpa II Hpa II NspB II Bcn I Sec I Bcn I Dsa I Sau96 I ScrF I Fok I HgiA I Alw I Ava II EcoR II Nla IV Mnl I Bsp1286 I Dpn I Rsr II Taq I BstN I | | | | | || || || | | | cacggctccttcctcatccgggagagcgagagcaccgcgggATcGttttcactgtcggtccgggacttcgaccaaaacca 2320 gtgccgaggaaggagtaggccctctcgctctcgtggcgcccTAgCaaaagtgacagccaggccctgaagctggttttggt | ¥ | | | ¥ | || || ¥ || | | ¥ | ¥ 2244 2252 2270 2281 2296 2308 2318 2255 2270 2280 2297 2318 2258 2275 2297 2318 2258 2275 2300 2318 2258 2275 2300 2258 2275 2300 2258 2276 2300 2281 2300 2281 Hae III Sau3A I Msp I Mbo I Hpa II Dpn I Hinf I ScrF I Hph I Alw I Taq I Nci I Mnl I BstY I Mnl I Bcn I | | || | | | || | gggagaggtggtgaaacattacaagatccgtaatctggacaacggtggcttctacatctcccctcgaatcacttttcccg 2400 ccctctccaccactttgtaatgttctaggcattagacctgttgccaccgaagatgtagaggggagcttagtgaaaagggc | | ¥ || ¥ ¥ ¥ ¥ | | | ¥ || | 2325 2344 2382 2397 2330 2345 2384 2397 2345 2386 2397 2345 2398 2345 2398 2400 Sau96 I Mae I Ava II HgiA I Sty I Bsr I Bsp1286 I Sec I Nla III Eco57 I ApaL I Fnu4H I Avr II | | | | | | || gcctgcatgaactggtccgccattacaccaatgcttcagatgggctgtgcacacggttgagccgcccctgccagacctag 2480 cggacgtacttgaccaggcggtaatgtggttacgaagtctacccgacacgtgtgccaactcggcggggacggtctggatc | ¥| | ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥| ¥ || ¥ 2406 2434 2447 2461 2476 2411 2447 2476 2414 2447 2476 2414 2477 Sau3A I Mbo I Mae III Mlu I Hph I Mse I Afl III Mnl I Dpn I Hae III Dde I Mnl I BstU I Dde I Alw I Fnu4H I Mnl I | || | | || | | | | || ggaggaaacgcgtgtgctgagggtgacgATCCCgcaAAAGCGGCcTTTAACTCCCTGCAAGCCTCAGCGACCGAATATAT 2560 cctcctttgcgcacacgactcccactgcTAGGGcgtTTTCGCCGgAAATTGAGGGACGTTCGGAGTCGCTGGCTTATATA | ||¥ | |¥ || | ¥ | | | ¥ ¥ || ¥ ¥ 2482 2489 2497 2508 2520 2542 2488 2499 2508 2522 2543 2488 2502 2527 2503 2508 2508 Taq I HinP I Mse I Mnl I Hha I Alu I Hph I | | | | | | CGGTTATGCGTGGGCGATGGTTGTTGTCATTGTCGGCGCAACTATCGGTATCAAGCTGTTTAAGAAATTCACCTCGAAAG 2640 GCCAATACGCACCCGCTACCAACAACAGTAACAGCCGCGTTGATAGCCATAGTTCGACAAATTCTTTAAGTGGAGCTTTC ¥ ¥ ¥ | ¥ ¥ | | |¥ | | ¥ 2596 2614 2629 2596 2620 2632 2634 ScrF I EcoR II BstN I Sau3A I Mbo I Dpn I Alw I Bsp1286 I Nla IV Alu I Ban II BstY I Mnl I HinD III BamH I Mbo II Alu I Taq I Taq I Alw I Ear I | || | | | || | | | CAAGCtaaAGCttatcgagcccgcctaatgagcgggcttttttttcgataccgttcgGGATCCtggcgtaatagcgaaga 2720 GTTCGattTCGaatagctcgggcggattactcgcccgaaaaaaaagctatggcaagcCCTAGGaccgcattatcgcttct | ||¥ | | ¥ ¥ ¥ | ¥ ||¥ | ¥ | |¥ 2643 2655 2685 2698 2716 2648 2698 2716 2649 2657 2698 2719 2657 2698 2699 2699 2699 2699 2702 2702 2702 Sau3A I Mbo I Pvu I BstU I Bgl I HinP I Nru I Fnu4H I BstU I Sau3A I Bbv I Hga I Mbo I HinP I BstU I HinP I Sau96 I Dpn I Hha I HinP I Hha I Hae III Pvu I Dpn I Fsp I Hha I Hha I Fnu4H I | || || || || | | || | || | | ggcccgcaccgatcgCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCGAATGGCGCGACGCGCCCTGTAGCGGCG 2800 ccgggcgtggctagcGCTAGCGGGAAGGGTTGTCAACGCGTCGGACTTACCGCTTACCGCGCTGCGCGGGACATCGCCGC | || || || ¥ ¥ || |¥ | ¥ ||¥ | || ¥ | | ¥ 2721 2730 2737 2756 2778 2785 2795 2721 2731 2757 2778 2798 2731 2757 2779 2798 2731 2759 2782 2733 2759 2784 2734 2762 2785 2736 2737 2737 Fnu4H I Fnu4H I Bbv I BstU I HinP I Mae I HinP I Hha I HinP I HinP I Hha I BstU I Hha I Hha I Mse I Mae III Mae III Hae II Hae II | ||| | || | | || | || CATTAAGCGCGGCGGGTGTGGTGGTTACGCGCAGCGTGACCGCTACACTTGCCAGCGCCCTAGCGCCCGCTCCTTTCGCT 2880 GTAATTCGCGCCGCCCACACCACCAATGCGCGTCGCACTGGCGATGTGAACGGTCGCGGGATCGCGGGCGAGGAAAGCGA | |||¥ ¥ | ||¥| | ¥ ¥ || | || ¥ ¥ 2803 2824 2836 2854 2862 2807 2828 2855 2863 2807 2829 2855 2863 2808 2829 2860 2809 2831 2831 Msp I Hpa II Nae I Nla IV Cfr10 I Bsp1286 I Mbo II Mae II Alu I Ban II Nla IV | | || | || | TTCTTCCCTTCCTTTCTCGCCACGTTCGCCGGCTTTCCCCGTCAAGCTCTAAATCGGGGGCTCCCTTTAGGGTTCCGATT 2960 AAGAAGGGAAGGAAAGAGCGGTGCAAGCGGCCGAAAGGGGCAGTTCGAGATTTAGCCCCCGAGGGAAATCCCAAGGCTAA | ¥ ¥ | ||¥ ¥ | ¥ ||¥ ¥| ¥ 2882 2902 2925 2938 2951 2908 2938 2908 2939 2909 2909 Taq I Mnl I Sau96 I Nla IV Mae II Ban I Hph I Dra III Hae III | | | | || || TAGTGCTTTACGGCACCTCGACCCCAAAAAACTTGATTAGGGTGATGGTTCACGTAGTGGGCCATCGCCCTGATAGACGG 3040 ATCACGAAATGCCGTGGAGCTGGGGTTTTTTGAACTAATCCCACTACCAAGTGCATCACCCGGTAGCGGGACTATCTGCC ¥ | | | ¥ ¥ ¥| ¥|| || ¥ ¥ 2972 3001 3011 3020 2972 3012 2976 3019 2978 Ple I Mme I Mae II Mae II Ple I Drd I Hinf I Mse I Hinf I Bsr I || | | | | | | TTTTTCGCCCTTTGACGTTGGAGTCCACGTTCTTTAATAGTGGACTCTTGTTCCAAACTGGAACAACACTCAACCCTATC 3120 AAAAAGCGGGAAACTGCAACCTCAGGTGCAAGAAATTATCACCTGAGAACAAGGTTTGACCTTGTTGTGAGTTGGGATAG ¥ || | ¥| | ¥ | ¥ | ¥ | ¥ ¥ ¥ 3054 3061 3074 3083 3097 3055 3067 3083 3057 3061 Hae III Mse I Alu I Mse I Mse I | | | | | TCGGTCTATTCTTTTGATTTATAAGGGATTTTGCCGATTTCGGCCTATTGGTTAAAAAATGAGCTGATTTAACAAAAATT 3200 AGCCAGATAAGAAAACTAAATATTCCCTAAAACGGCTAAAGCCGGATAACCAATTTTTTACTCGACTAAATTGTTTTTAA ¥ ¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ | |¥ | 3162 3172 3182 3189 3200 ScrF I EcoR II Mse I BstN I BstU I Mse I Ssp I Mae II Sec I | | | | | || TAACGCGAATTTTAACAAAATATTAACGTTTACAATTTCC 3240 ATTGCGCTTAAAATTGTTTTATAATTGCAAATGTTAAAGG | ¥ | |¥ | | ¥ || 3204 3212 3219 3226 3239 3223 3240 3240 3240 Restriction Endonucleases site usage Aat II - Bsp1286 I 8 EcoR I - Mbo II 9 Rsa I 1 Acc I - BspH I 2 EcoR II 9 Mlu I 1 Rsr II 1 Afl II - BspM I - EcoR V - Mme I 3 Sac I - Afl III 2 BspM II - Esp I - Mnl I 18 Sac II 1 Aha II 2 Bsr I 10 Fnu4H I 25 Mse I 19 Sal I - Alu I 15 BssH II - Fok I 5 Msp I 14 Sau3A I 20 Alw I 14 BstB I - Fsp I 2 Nae I 1 Sau96 I 8 AlwN I 2 BstE II - Gdi II 3 Nar I 1 Sca I 1 Apa I - BstN I 9 Gsu I 2 Nci I 8 ScrF I 17 ApaL I 3 BstU I 16 Hae I 3 Nco I 1 Sec I 8 Ase I 3 BstX I - Hae II 5 Nde I - SfaN I 4 Asp718 - BstY I 8 Hae III 14 Nhe I - Sfi I - Ava I 1 Bsu36 I - Hga I 5 Nla III 9 Sma I 1 Ava II 4 Cfr10 I 2 HgiA I 5 Nla IV 14 SnaB I - Ava III - Cla I 1 HgiE II 1 Not I - Spe I - Avr II 1 Dde I 8 Hha I 22 Nru I 1 Sph I - Bal I - Dpn I 20 HinC II 1 Nsi I - Spl I - BamH I 1 Dra I 3 HinD III 1 Nsp7524 I 1 Ssp I 2 Ban I 3 Dra III 1 Hinf I 8 NspB II 5 Stu I - Ban II 3 Drd I 2 HinP I 22 NspH I 1 Sty I 2 Bbe I 1 Dsa I 2 Hpa I - PaeR7 I - Taq I 10 Bbv I 12 Eae I 3 Hpa II 14 PflM I - Tth111 I - Bbv II - Eag I - Hph I 9 Ple I 5 Tth111 II 3 Bcl I - Ear I 3 Kpn I - PmaC I - Xba I - Bcn I 8 Eco47 III - Mae I 5 PpuM I - Xca I - Bgl I 2 Eco57 I 3 Mae II 8 Pst I - Xho I - Bgl II - EcoN I - Mae III 11 Pvu I 3 Xma I 1 Bsm I - EcoO109 I - Mbo I 20 Pvu II 1 Xmn I 1 BsmA I 2 Enzyme Site Use Site position (Fragment length) Fragment order Ava I c/ycgrg 1 2229( 3240) 1 Avr II c/ctagg 1 2476( 3240) 1 BamH I g/gatcc 1 2698( 3240) 1 Bbe I ggcgc/c 1 2225( 3240) 1 Cla I at/cgat 1 2078( 3240) 1 Dra III cacnnn/gtg 1 3011( 3240) 1 HgiE II accnnnnnnggt 1 1220( 3240) 1 HinC II gty/rac 1 2006( 3240) 1 HinD III a/agctt 1 2648( 3240) 1 Mlu I a/cgcgt 1 2488( 3240) 1 Nae I gcc/ggc 1 2908( 3240) 1 Nar I gg/cgcc 1 2225( 3240) 1 Nco I c/catgg 1 2146( 3240) 1 Nru I tcg/cga 1 2733( 3240) 1 Nsp7524 I r/catgy 1 1807( 3240) 1 NspH I rcatg/y 1 1807( 3240) 1 Pvu II cag/ctg 1 1985( 3240) 1 Rsa I gt/ac 1 437( 3240) 1 Rsr II cg/gwccg 1 2296( 3240) 1 Sac II ccgc/gg 1 2275( 3240) 1 Sca I agt/act 1 436( 3240) 1 Sma I ccc/ggg 1 2229( 3240) 1 Xma I c/ccggg 1 2229( 3240) 1 Xmn I gaann/nnttc 1 315( 3240) 1 Afl III a/crygt 2 1807( 681) 2 2488( 2559) 1 Aha II gr/cgyc 2 378( 1847) 1 2225( 1393) 2 AlwN I cagnnn/ctg 2 1393( 824) 2 2217( 2416) 1 Bgl I gccnnnn/nggc 2 795( 1967) 1 2762( 1273) 2 BsmA I gtctc 1/5 2 83( 765) 2 848( 2475) 1 BspH I t/catga 2 79( 1008) 2 1087( 2232) 1 Cfr10 I r/ccggy 2 834( 2074) 1 2908( 1166) 2 Drd I gacnnnn/nngtc 2 1699( 1355) 2 3054( 1885) 1 Dsa I c/crygg 2 2146( 129) 2 2275( 3111) 1 Fsp I tgc/gca 2 694( 2062) 1 2756( 1178) 2 Gsu I ctggag 16/14 2 829( 1334) 2 2163( 1906) 1 Ssp I aat/att 2 112( 3107) 1 3219( 133) 2 Sty I c/cwwgg 2 2146( 330) 2 2476( 2910) 1 ApaL I g/tgcac 3 247( 1246) 1 1493( 954) 3 2447( 1040) 2 Ase I at/taat 3 743( 1235) 2 1978( 35) 3 2013( 1970) 1 Ban I g/gyrcc 3 966( 1259) 1 2225( 747) 3 2972( 1234) 2 Ban II grgcy/c 3 2166( 491) 2 2657( 281) 3 2938( 2468) 1 Dra I ttt/aaa 3 339( 692) 2 1031( 19) 3 1050( 2529) 1 Eae I y/ggccr 3 526( 1442) 2 1968( 175) 3 2143( 1623) 1 Ear I ctcttc 1/4 3 125( 1804) 1 1929( 787) 2 2716( 649) 3 Eco57 I ctgaag 16/14 3 232( 1048) 2 1280( 1154) 1 2434( 1038) 3 Gdi II yggccg -5/-1 3 526( 1442) 2 1968( 175) 3 2143( 1623) 1 Hae I wgg/ccw 3 1331( 452) 2 1783( 11) 3 1794( 2777) 1 Mme I tccrac 20/18 3 1433( 184) 3 1617( 1440) 2 3057( 1616) 1 Pvu I cgat/cg 3 547( 2183) 1 2730( 6) 3 2736( 1051) 2 Tth111 II caarca 11/9 3 1194( 6) 3 1200( 33) 2 1233( 3201) 1 Ava II g/gwcc 4 555( 222) 3 777( 1520) 1 2297( 117) 4 2414( 1381) 2 SfaN I gcatc 5/9 4 228( 230) 3 458( 210) 4 668( 1052) 2 1720( 1748) 1 Fok I ggatg 9/13 5 467( 287) 3 754( 181) 5 935( 1063) 2 1998( 257) 4 2255( 1452) 1 Hae II rgcgc/y 5 1563( 370) 3 1933( 292) 4 2225( 629) 2 2854( 8) 5 2862( 1941) 1 Hga I gacgc 5/10 5 378( 750) 2 1128( 578) 3 1706( 499) 5 2205( 577) 4 2782( 836) 1 HgiA I gwgcw/c 5 247( 85) 5 332( 1161) 1 1493( 777) 3 2270( 177) 4 2447( 1040) 2 Mae I c/tag 5 726( 335) 4 1061( 253) 5 1314( 1163) 1 2477( 383) 3 2860( 1106) 2 NspB II cmg/ckg 5 281( 941) 2 1222( 245) 5 1467( 518) 3 1985( 290) 4 2275( 1246) 1 Ple I gagtc 4/5 5 920( 517) 3 1437( 471) 4 1908( 1153) 1 3061( 22) 5 3083( 1077) 2 Bcn I ccs/gg 8 382( 351) 4 733( 696) 3 1429( 800) 2 2229( 1) 8 2230( 28) 7 2258( 42) 6 2300( 97) 5 2397( 1225) 1 Bsp1286 I gdgch/c 8 247( 85) 8 332( 1161) 1 1493( 673) 2 2166( 104) 7 2270( 177) 6 2447( 210) 5 2657( 281) 4 2938( 549) 3 BstY I r/gatcy 8 272( 17) 6 289( 768) 3 1057( 12) 7 1069( 86) 5 1155( 11) 8 1166( 1178) 1 2344( 354) 4 2698( 814) 2 Dde I c/tnag 8 418( 540) 3 958( 166) 6 1124( 409) 4 1533( 604) 2 2137( 56) 7 2193( 304) 5 2497( 46) 8 2543( 1115) 1 Hinf I g/antc 8 920( 517) 3 1437( 396) 5 1833( 75) 6 1908( 65) 7 1973( 413) 4 2386( 675) 2 3061( 22) 8 3083( 1077) 1 Mae II a/cgt 8 317( 373) 3 690( 416) 2 1106( 1796) 1 2902( 110) 6 3012( 43) 7 3055( 12) 8 3067( 159) 5 3226( 331) 4 Nci I cc/sgg 8 382( 351) 4 733( 696) 3 1429( 800) 2 2229( 1) 8 2230( 28) 7 2258( 42) 6 2300( 97) 5 2397( 1225) 1 Sau96 I g/gncc 8 555( 222) 5 777( 17) 8 794( 79) 7 873( 1424) 1 2297( 117) 6 2414( 307) 3 2721( 298) 4 3019( 776) 2 Sec I c/cnngg 8 1647( 499) 3 2146( 29) 8 2175( 54) 5 2229( 46) 6 2275( 43) 7 2318( 158) 4 2476( 763) 2 3239( 1648) 1 BstN I cc/wgg 9 1647( 13) 9 1660( 121) 5 1781( 381) 4 2162( 14) 8 2176( 46) 7 2222( 96) 6 2318( 384) 3 2702( 538) 2 3240( 1647) 1 EcoR II /ccwgg 9 1647( 13) 9 1660( 121) 5 1781( 381) 4 2162( 14) 8 2176( 46) 7 2222( 96) 6 2318( 384) 3 2702( 538) 2 3240( 1647) 1 Hph I ggtga 8/7 9 200( 15) 9 215( 226) 6 441( 396) 3 837( 227) 5 1064( 1266) 1 2330( 172) 7 2502( 127) 8 2629( 372) 4 3001( 439) 2 Mbo II gaaga 8/7 9 125( 109) 7 234( 78) 9 312( 755) 2 1067( 91) 8 1158( 771) 1 1929( 253) 5 2182( 534) 3 2716( 166) 6 2882( 483) 4 Nla III catg/ 9 80( 393) 4 473( 36) 8 509( 78) 7 587( 10) 9 597( 491) 3 1088( 720) 2 1808( 339) 5 2147( 259) 6 2406( 914) 1 Bsr I actgg 1/-1 10 269( 175) 6 444( 264) 5 708( 43) 9 751( 118) 7 869( 406) 4 1275( 117) 8 1392( 13)10 1405( 1006) 1 2411( 686) 2 3097( 412) 3 Taq I t/cga 10 265( 1444) 1 1709( 285) 4 1994( 85) 7 2079( 229) 6 2308( 76) 8 2384( 250) 5 2634( 21)10 2655( 30) 9 2685( 293) 3 2978( 527) 2 Mae III /gtnac 11 259( 188) 6 447( 153) 7 600( 58)10 658( 331) 3 989( 283) 5 1272( 116) 8 1388( 63) 9 1451( 1052) 1 2503( 321) 4 2824( 12)11 2836( 663) 2 Bbv I gcagc 8/12 12 498( 366) 4 864( 328) 5 1192( 206) 7 1398( 3)12 1401( 65)10 1466( 419) 3 1885( 18)11 1903( 81) 8 1984( 232) 6 2216( 543) 2 2759( 72) 9 2831( 907) 1 Alw I ggatc 4/5 14 272( 18)11 290( 303) 4 593( 464) 3 1057( 13)12 1070( 85) 8 1155( 12)13 1167( 74) 9 1241( 835) 1 2076( 204) 5 2280( 65)10 2345( 163) 7 2508( 190) 6 2698( 1)14 2699( 813) 2 Hae III gg/cc 14 527( 267) 5 794( 80)12 874( 458) 2 1332( 434) 3 1766( 18)13 1784( 11)14 1795( 174) 9 1969( 175) 8 2144( 256) 6 2400( 122)11 2522( 199) 7 2721( 299) 4 3020( 142)10 3162( 605) 1 Hpa II c/cgg 14 382( 242) 5 624( 110) 8 734( 67)10 801( 34)12 835( 404) 4 1239( 190) 6 1429( 26)14 1455( 147) 7 1602( 628) 2 2230( 28)13 2258( 42)11 2300( 98) 9 2398( 511) 3 2909( 713) 1 Msp I c/cgg 14 382( 242) 5 624( 110) 8 734( 67)10 801( 34)12 835( 404) 4 1239( 190) 6 1429( 26)14 1455( 147) 7 1602( 628) 2 2230( 28)13 2258( 42)11 2300( 98) 9 2398( 511) 3 2909( 713) 1 Nla IV ggn/ncc 14 30( 590) 2 620( 211) 7 831( 41)10 872( 94) 8 966( 772) 1 1738( 39)11 1777( 388) 4 2165( 60) 9 2225( 19)13 2244( 454) 3 2698( 241) 6 2939( 12)14 2951( 21)12 2972( 298) 5 Alu I ag/ct 15 565( 63)12 628( 100)10 728( 521) 2 1249( 257) 5 1506( 46)13 1552( 90)11 1642( 226) 8 1868( 118) 9 1986( 232) 7 2218( 396) 3 2614( 29)14 2643( 6)15 2649( 276) 4 2925( 257) 6 3182( 623) 1 BstU I cg/cg 16 27( 332) 4 359( 493) 2 852( 330) 5 1182( 581) 1 1763( 198) 9 1961( 2)16 1963( 244) 7 2207( 69)10 2276( 213) 8 2489( 245) 6 2734( 45)12 2779( 5)15 2784( 24)13 2808( 20)14 2828( 376) 3 3204( 63)11 ScrF I cc/ngg 17 382( 351) 5 733( 696) 1 1429( 218) 7 1647( 13)15 1660( 121) 8 1781( 381) 4 2162( 14)14 2176( 46)10 2222( 7)16 2229( 1)17 2230( 28)12 2258( 42)11 2300( 18)13 2318( 79) 9 2397( 305) 6 2702( 538) 2 3240( 382) 3 Mnl I cctc 7/7 18 553( 206) 7 759( 130) 8 889( 81)12 970( 400) 2 1370( 267) 4 1637( 57)14 1694( 226) 6 1920( 33)17 1953( 299) 3 2252( 73)13 2325( 57)15 2382( 100) 9 2482( 17)18 2499( 43)16 2542( 90)10 2632( 87)11 2719( 257) 5 2976( 817) 1 Mse I t/taa 19 340( 365) 3 705( 39)12 744( 235) 6 979( 53)10 1032( 14)15 1046( 5)19 1051( 52)11 1103( 876) 1 1979( 35)13 2014( 513) 2 2527( 93) 9 2620( 183) 7 2803( 271) 5 3074( 98) 8 3172( 17)14 3189( 11)17 3200( 12)16 3212( 11)18 3223( 357) 4 Dpn I ga/tc 20 237( 36)13 273( 17)16 290( 258) 4 548( 46)12 594( 18)15 612( 341) 3 953( 105) 8 1058( 12)17 1070( 78) 9 1148( 8)19 1156( 11)18 1167( 75)10 1242( 835) 1 2077( 204) 5 2281( 64)11 2345( 163) 7 2508( 191) 6 2699( 32)14 2731( 6)20 2737( 740) 2 Mbo I /gatc 20 237( 36)13 273( 17)16 290( 258) 4 548( 46)12 594( 18)15 612( 341) 3 953( 105) 8 1058( 12)17 1070( 78) 9 1148( 8)19 1156( 11)18 1167( 75)10 1242( 835) 1 2077( 204) 5 2281( 64)11 2345( 163) 7 2508( 191) 6 2699( 32)14 2731( 6)20 2737( 740) 2 Sau3A I /gatc 20 237( 36)13 273( 17)16 290( 258) 4 548( 46)12 594( 18)15 612( 341) 3 953( 105) 8 1058( 12)17 1070( 78) 9 1148( 8)19 1156( 11)18 1167( 75)10 1242( 835) 1 2077( 204) 5 2281( 64)11 2345( 163) 7 2508( 191) 6 2699( 32)14 2731( 6)20 2737( 740) 2 Hha I gcg/c 22 26( 332) 5 358( 337) 4 695( 93)12 788( 393) 2 1181( 109)10 1290( 174) 8 1464( 100)11 1564( 67)13 1631( 270) 6 1901( 33)14 1934( 28)15 1962( 264) 7 2226( 370) 3 2596( 161) 9 2757( 21)18 2778( 7)22 2785( 13)19 2798( 9)20 2807( 22)17 2829( 26)16 2855( 8)21 2863( 403) 1 HinP I g/cgc 22 26( 332) 5 358( 337) 4 695( 93)12 788( 393) 2 1181( 109)10 1290( 174) 8 1464( 100)11 1564( 67)13 1631( 270) 6 1901( 33)14 1934( 28)15 1962( 264) 7 2226( 370) 3 2596( 161) 9 2757( 21)18 2778( 7)22 2785( 13)19 2798( 9)20 2807( 22)17 2829( 26)16 2855( 8)21 2863( 403) 1 Fnu4H I gc/ngc 25 174( 229) 6 403( 95)12 498( 27)18 525( 339) 2 864( 328) 3 1192( 206) 7 1398( 3)23 1401( 65)14 1466( 143)10 1609( 155) 9 1764( 118)11 1882( 3)24 1885( 18)20 1903( 81)13 1984( 158) 8 2142( 55)16 2197( 16)21 2213( 3)25 2216( 245) 4 2461( 59)15 2520( 239) 5 2759( 36)17 2795( 14)22 2809( 22)19 2831( 583) 1 576 sites found No Sites found for the following Restriction Endonucleases Aat II gacgt/c BstX I ccannnnn/ntgg PflM I ccannnn/ntgg Acc I gt/mkac Bsu36 I cc/tnagg PmaC I cac/gtg Afl II c/ttaag Eag I c/ggccg PpuM I rg/gwccy Apa I gggcc/c Eco47 III agc/gct Pst I ctgca/g Asp718 g/gtacc EcoN I cctnn/nnnagg Sac I gagct/c Ava III atgcat EcoO109 I rg/gnccy Sal I g/tcgac Bal I tgg/cca EcoR I g/aattc Sfi I ggccnnnn/nggcc Bbv II gaagac 2/6 EcoR V gat/atc SnaB I tac/gta Bcl I t/gatca Esp I gc/tnagc Spe I a/ctagt Bgl II a/gatct Hpa I gtt/aac Sph I gcatg/c Bsm I gaatgc 1/-1 Kpn I ggtac/c Spl I c/gtacg BspM I acctgc 4/8 Nde I ca/tatg Stu I agg/cct BspM II t/ccgga Nhe I g/ctagc Tth111 I gacn/nngtc BssH II g/cgcgc Not I gc/ggccgc Xba I t/ctaga BstB I tt/cgaa Nsi I atgca/t Xca I gta/tac BstE II g/gtnacc PaeR7 I c/tcgag Xho I c/tcgag