Positions of Restriction Endonucleases sites pSH3t: phagemid construct with src SH3 starting at 2157, gene VIII, tac promoter Nla IV BstU I BsmA I HinP I Nla III Hha I BspH I || | || | GTGGCACTTTTCGGGGAAATGTGCGCGGAACCCCTATTTGTTTATTTTTCTAAATACATTCAAATATGTATCCGCTCATG 80 CACCGTGAAAAGCCCCTTTACACGCGCCTTGGGGATAAACAAATAAAAAGATTTATGTAAGTTTATACATAGGCGAGTAC ¥ ¥ || | ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ || | 23 76 23 77 24 80 27 Mbo II Ssp I Ear I | | AGACAATAACCCTGATAAATGCTTCAATAATATTGAAAAAGGAAGAGTATGAGTATTCAACATTTCCGTGTCGCCCTTAT 160 TCTGTTATTGGGACTATTTACGAAGTTATTATAACTTTTTCCTTCTCATACTCATAAGTTGTAAAGGCACAGCGGGAATA ¥ ¥ |¥ ¥ | ¥ ¥ ¥ ¥ 109 122 122 Sau3A I Mbo I Mbo II Eco57 I Fnu4H I Hph I Hph I SfaN I Dpn I | | | | | | | TCCCTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTGCTCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATCAGT 240 AGGGAAAAAACGCCGTAAAACGGAAGGACAAAAACGAGTGGGTCTTTGCGACCACTTTCATTTTCTACGACTTCTAGTCA ¥| ¥ ¥ | ¥ ¥ | ¥ | |¥| | ¥ 171 197 212 225 234 229 231 234 234 Sau3A I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I HgiA I BstY I Dpn I Mae II Bsp1286 I Taq I Alw I BstY I Xmn I ApaL I Mae III Bsr I NspB II Alw I Mbo II | | | | || | || | | | TGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAACTGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGTTTT 320 ACCCACGTGCTCACCCAATGTAGCTTGACCTAGAGTTGTCGCCATTCTAGGAACTCTCAAAAGCGGGGCTTCTTGCAAAA | ¥ | ¥ | | || | ¥ || ¥ ¥ |¥ | | ¥ 244 256 266 278 287 309 244 262 269 286 312 244 269 287 314 270 287 270 287 270 ScrF I Nci I Msp I Hpa II Dra I BstU I Bcn I HgiA I Mse I HinP I Hga I Bsp1286 I Hha I Aha II Fnu4H I | || || | | | CCAATGATGAGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCCCGTATTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCGGTCG 400 GGTTACTACTCGTGAAAATTTCAAGACGATACACCGCGCCATAATAGGGCATAACTGCGGCCCGTTCTCGTTGAGCCAGC |¥ || ¥ ¥ || ¥ ¥ | |¥ ¥ | 329 355 375 400 329 337 355 375 336 356 379 379 379 379 379 Hph I Rsa I Mae III Nla III Dde I Sca I Bsr I SfaN I Fok I | || | | | | | | CCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTGGTTGAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAGTAA 480 GGCGTATGTGATAAGAGTCTTACTGAACCAACTCATGAGTGGTCAGTGTCTTTTCGTAGAATGCCTACCGTACTGTCATT ¥ | ¥ ¥ || | ¥| | ¥ | ¥ | | ¥ 415 433 441 455 464 434 444 470 438 Mnl I Hae III Sau3A I Gdi II Mbo I Fnu4H I Eae I Dpn I Sau96 I Bbv I Nla III Fnu4H I Pvu I Ava II | | ||| || | | GAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATCGGAGGACCGAAG 560 CTCTTAATACGTCACGACGGTATTGGTACTCACTATTGTGACGCCGGTTGAATGAAGACTGTTGCTAGCCTCCTGGCTTC ¥ | ¥ | ¥ ¥ ||| ¥ ¥ || | | ¥ 495 506 522 544 552 495 523 545 552 523 545 524 545 550 Sau3A I Mbo I Dpn I Sau3A I Msp I Alw I Mae III Mbo I Hpa II Alu I Nla III Nla III Dpn I Nla IV Alu I | | || | | | | | | GAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACTCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGCCAT 640 CTCGATTGGCGAAAAAACGTGTTGTACCCCCTAGTACATTGAGCGGAACTAGCAACCCTTGGCCTCGACTTACTTCGGTA | ¥ ¥ | || | | ¥ |¥ | ¥| | ¥ ¥ 562 584 594 609 617 625 590 597 609 621 591 609 621 591 591 HinP I Hha I Fsp I Bsr I Mae III SfaN I Mae II Mse I | | | || | | ACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATGCCTGTAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTACTTA 720 TGGTTTGCTGCTCGCACTGTGGTGCTACGGACATCGTTACCGTTGTTGCAACGCGTTTGATAATTGACCGCTTGATGAAT ¥ | ¥ | ¥ ¥ | ¥|| ¥ | | ¥ ¥ 655 665 687 702 691 705 692 692 Msp I Hpa II Msp I ScrF I Sau96 I Nci I Hae III Alu I Mse I Fok I Sau96 I HinP I Hpa II Mae I Bcn I Ase I Bsr I Mnl I Ava II Hha I Bgl I | | || || | | | | | || | CTCTAGCTTCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGCTCGGCCCTTCCG 800 GAGATCGAAGGGCCGTTGTTAATTATCTGACCTACCTCCGCCTATTTCAACGTCCTGGTGAAGACGCGAGCCGGGAAGGC | | || || | ¥| | ¥ ¥ | ¥ | ¥|| | ¥ 723 730 740 748 756 774 785 792 725 741 751 774 785 798 730 791 730 791 731 798 731 Msp I Hpa II Hae III Cfr10 I Bsr I Nla IV BstU I Fnu4H I Sau96 I Gsu I Hph I BsmA I Bbv I Nla IV | | || | | | | | ||| GCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCGGTGAGCGTGGGTCTCGCGGTATCATTGCAGCACTGGGGCCAGATGG 880 CGACCGACCAAATAACGACTATTTAGACCTCGGCCACTCGCACCCAGAGCGCCATAGTAACGTCGTGACCCCGGTCTACC ¥ ¥ | | ¥|| | ¥ | |¥ ¥| | ||| ¥ 826 834 845 861 869 828 849 861 870 831 866 832 871 832 Dde I Sau3A I Ple I Mbo I Mnl I Hinf I Fok I Dpn I | | | | | TAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTACACGACGGGGAGTCAGGCAACTATGGATGAACGAAATAGACAGATCGCTGAGA 960 ATTCGGGAGGGCATAGCATCAATAGATGTGCTGCCCCTCAGTCCGTTGATACCTACTTGCTTTATCTGTCTAGCGACTCT | ¥ ¥ ¥ | ¥ ¥ | ¥ | | ¥ 886 917 932 950 917 950 950 955 Mnl I Nla IV Mse I Ban I Mse I Mae III Dra I | | | | || TAGGTGCCTCACTGATTAAGCATTGGTAACTGTCAGACCAAGTTTACTCATATATACTTTAGATTGATTTAAAACTTCAT 1040 ATCCACGGAGTGACTAATTCGTAACCATTGACAGTCTGGTTCAAATGAGTATATATGAAATCTAACTAAATTTTGAAGTA | | ¥ | ¥ | ¥ ¥ ¥ ¥ ||¥ ¥ 963 976 986 1028 963 1029 967 Sau3A I Mae I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I Alw I Mse I Dpn I BstY I Dra I BstY I Mbo II Nla III Mae II Mse I Alw I Hph I BspH I Mse I | || || | | | || || | | TTTTAATTTAAAAGGATCTAGGTGAAGATCCTTTTTGATAATCTCATGACCAAAATCCCTTAACGTGAGTTTTCGTTCCA 1120 AAAATTAAATTTTCCTAGATCCACTTCTAGGAAAAACTATTAGAGTACTGGTTTTAGGGAATTGCACTCAAAAGCAAGGT | || ¥ || | ¥| | || ¥ ¥ || ¥ | | ¥ ¥ 1043 1054 1061 1084 1100 1047 1054 1064 1085 1103 1048 1055 1066 1055 1067 1055 1067 1058 1067 1067 Sau3A I Mbo I Sau3A I Dpn I Mbo I Sau3A I Mbo II Dpn I BstU I Tth111 II Hga I Mbo I BstY I Alw I HinP I Fnu4H I Dde I Dpn I Alw I BstY I Hha I Bbv I Tth111 II | | | || | || || | | | CTGAGCGTCAGACCCCGTAGAAAAGATCAAAGGATCTTCTTGAGATCCTTTTTTTCTGCGCGTAATCTGCTGCTTGCAAA 1200 GACTCGCAGTCTGGGGCATCTTTTCTAGTTTCCTAGAAGAACTCTAGGAAAAAAAGACGCGCATTAGACGACGAACGTTT | | ¥ ¥ | ¥ || | ¥ || ¥ ||¥ |¥| | ¥ 1121 1145 1152 1163 1178 1189 1197 1125 1145 1152 1164 1178 1189 1145 1155 1164 1179 1191 1153 1164 1153 1164 1153 Sau3A I Mbo I Dpn I Alw I Msp I Eco57 I NspB II Hpa II Bsr I HgiE II Tth111 II Alu I Mae III | | | | || | | | | CAAAAAAACCACCGCTACCAGCGGTGGTTTGTTTGCCGGATCAAGAGCTACCAACTCTTTTTCCGAAGGTAACTGGCTTC 1280 GTTTTTTTGGTGGCGATGGTCGCCACCAAACAAACGGCCTAGTTCTCGATGGTTGAGAAAAAGGCTTCCATTGACCGAAG ¥ | |¥ | | ||¥ | ¥ ¥ |¥ | | ¥ 1217 1230 1246 1269 1219 1236 1272 1236 1277 1238 1239 1239 1239 HinP I Hae III Hha I Mae I Hae I | | || AGCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCTTCTAGTGTAGCCGTAGTTAGGCCACCACTTCAAGAACTCTGTAGCACCGCC 1360 TCGTCTCGCGTCTATGGTTTATGACAGGAAGATCACATCGGCATCAATCCGGTGGTGAAGTTCTTGAGACATCGTGGCGG | ¥ ¥ ¥| ¥ ||¥ ¥ ¥ ¥ 1287 1311 1328 1287 1329 Mme I ScrF I Fnu4H I Nci I AlwN I Fnu4H I Msp I Bsr I Bbv I Hpa II Ple I Mnl I Mae III Bbv I Bsr I Bcn I Hinf I | | || | | | | | | TACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCTTACCGGGTTGGACTCAA 1440 ATGTATGGAGCGAGACGATTAGGACAATGGTCACCGACGACGGTCACCGCTATTCAGCACAGAATGGCCCAACCTGAGTT | ¥ ¥ | || | | ¥ | ¥ ¥ | | | ¥ 1367 1385 1395 1402 1426 1434 1389 1398 1426 1434 1390 1398 1426 1395 1426 1426 1430 NspB II Fnu4H I Msp I Bbv I HgiA I Hpa II HinP I Bsp1286 I Mae III Hha I ApaL I Alu I | | | || | | GACGATAGTTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGTGCACACAGCCCAGCTTGGAGCGAACGACC 1520 CTGCTATCAATGGCCTATTCCGCGTCGCCAGCCCGACTTGCCCCCCAAGCACGTGTGTCGGGTCGAACCTCGCTTGCTGG | ¥ | ¥| || ¥ ¥ | ¥ | ¥ ¥ 1448 1461 1490 1503 1452 1461 1490 1452 1463 1490 1463 1464 HinP I Hha I Msp I Dde I Alu I Hae II Hpa II | | || | TACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCTATGAGAAAGCGCCACGCTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTATCC 1600 ATGTGGCTTGACTCTATGGATGTCGCACTCGATACTCTTTCGCGGTGCGAAGGGCTTCCCTCTTTCCGCCTGTCCATAGG | ¥ |¥ || ¥ ¥ ¥ |¥ 1530 1549 1560 1599 1561 1599 1561 Sec I ScrF I Mnl I EcoR II ScrF I Mme I HinP I BstN I EcoR II Fnu4H I Hha I Alu I BstN I | | | | | | | GGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAGAGCGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCTTTATAGTCCTGTCG 1680 CCATTCGCCGTCCCAGCCTTGTCCTCTCGCGTGCTCCCTCGAAGGTCCCCCTTTGCGGACCATAGAAATATCAGGACAGC | ¥ | ¥ | ¥ | |¥ | ¥ | ¥ ¥ ¥ 1606 1628 1639 1657 1614 1628 1644 1657 1634 1644 1657 1644 1644 Drd I Taq I Mnl I Hga I SfaN I Nla IV BstU I | | | | | | | GGTTTCGCCACCTCTGACTTGAGCGTCGATTTTTGTGATGCTCGTCAGGGGGGCGGAGCCTATGGAAAAACGCCAGCAAC 1760 CCAAAGCGGTGGAGACTGAACTCGCAGCTAAAAACACTACGAGCAGTCCCCCCGCCTCGGATACCTTTTTGCGGTCGTTG ¥| | ¥ | | ¥ | ¥ ¥ | ¥ ¥ | 1691 1703 1717 1735 1760 1696 1706 Hae III Hae I ScrF I Nla III EcoR II NspH I Hae III BstN I Hae III Nsp7524 I Fnu4H I Nla IV Hae I Afl III Hinf I | | | | || || || | GCGGCCTTTTTACGGTTCCTGGCCTTTTGCTGGCCTTTTGCTCACATGTTCTTTCCTGCGTTATCCCCTGATTCTGTGGA 1840 CGCCGGAAAAATGCCAAGGACCGGAAAACGACCGGAAAACGAGTGTACAAGAAAGGACGCAATAGGGGACTAAGACACCT | | ¥ | | || ¥|| ¥ || ¥ ¥ | ¥ 1761 1774 1791 1804 1830 1763 1778 1792 1804 1778 1804 1778 1805 1780 1781 Ple I Fnu4H I Fnu4H I Bbv I Bbv I HinP I Alu I Fnu4H I Hha I Hinf I Mnl I | | | | | | | TAACCGTATTACCGCCTTTGAGTGAGCTGATACCGCTCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCGAGG 1920 ATTGGCATAATGGCGGAAACTCACTCGACTATGGCGAGCGGCGTCGGCTTGCTGGCTCGCGTCGCTCAGTCACTCGCTCC ¥ ¥ | ¥ |¥ | ¥ | | | ¥ | ¥ 1865 1879 1898 1905 1917 1882 1898 1882 1900 1900 1905 Gdi II HinP I Eae I Pvu II Hha I BstU I Fnu4H I Hae II HinP I Mse I Alu I Mbo II Hha I Hinf I Bbv I Fok I Ear I Mnl I BstU I Hae III Ase I NspB II Taq I | || | ||| || | || ||| | | AAGCGGAAGAGCGCCCAATACGCAAACCGCCTCTCCCCGCGCGTTGGCCGATTCATTAATGCagctgaactcgacatccc 2000 TTCGCCTTCTCGCGGGTTATGCGTTTGGCGGAGAGGGGCGCGCAACCGGCTAAGTAATTACGtcgacttgagctgtaggg | || ¥ | ||| || | || ¥||| ¥| | ¥ 1926 1950 1958 1966 1975 1982 1991 1926 1959 1970 1981 1995 1930 1959 1976 1983 1931 1960 1981 1931 1965 1982 1965 Taq I Cla I Sau3A I Mse I Mbo I Ase I Dpn I HinC II Alw I | || |||| ctgttgacaattaatcatcggctcgtataatgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacaggatcgAT 2080 gacaactgttaattagtagccgagcatattacacaccttaacactcgcctattgttaaagtgtgtcctttgtcctagcTA | || ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ |||| ¥ 2003 2073 2010 2074 2011 2074 2074 2075 2076 Nla III Sty I Sec I Nco I Dsa I Gdi II Eae I Fnu4H I Dde I Hae III Nde I | ||| || | GAAAAAAACTGCTATCGCTATCGCTGTTGCTCTGGCTGGTTTCGCTACTGTTGCTCAGGCGGccatggGACATATGACTT 2160 CTTTTTTTGACGATAGCGATAGCGACAACGAGACCGACCAAAGCGATGACAACGAGTCCGCCggtaccCTGTATACTGAA ¥ ¥ ¥ ¥ ¥ | ||| || ¥| ¥ 2134 2141 2151 2139 2140 2140 2143 2143 2143 2143 2144 Msp I Hpa II ScrF I Nci I Bcn I Ple I Hinf I Pst I HinC II | || | | TCGTGGCTCTCTACGACTACGAGTCCCGGACTGAAACGGACTTGTCCTTCAAGAAAGGAGAACGCCTGCAGATTGTCAAC 2240 AGCACCGAGAGATGCTGATGCTCAGGGCCTGACTTTGCCTGAACAGGAAGTTCTTTCCTCTTGCGGACGTCTAACAGTTG ¥ ¥| || ¥ ¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ 2181 2226 2235 2181 2185 2185 2185 2186 2186 Taq I Mnl I Bsr I Sal I HinP I Mae III HinC II Bsr I Hha I Hph I Acc I Fok I Mae III BstU I || | || | | | || | AACACGGAAGGTGACTGGTGGCTGGCTCATTCCCTgtCgACAGGACgGACGGGCTACATCCCCAGTAACTATGTCGCGCC 2320 TTGTGCCTTCCACTGACCACCGACCGAGTAAGGGAcaGcTGTCCTGcCTGCCCGATGTAGGGGTCATTGATACAGCGCGG || | ¥ ¥ || ¥ ¥ | ¥ | | ¥ || | 2250 2276 2297 2305 2315 2251 2276 2302 2316 2254 2276 2316 2277 2320 Sau3A I Mbo I Mae III Mlu I Hph I Ple I Mae I Afl III Mnl I Dpn I Hae III Dde I Dde I Mnl I BstU I Dde I Alw I Fnu4H I Hinf I Mnl I | | | || | | || | | | | || CTCAGACtagGGAGGAAacgcgtGTGCTGAGGGTGACGATCCCgCAAAAGCGGCcTTTgACTCCCTGCAAGCCTCAGCGA 2400 GAGTCTGatcCCTCCTTtgcgcaCACGACTCCCACTGCTAGGGcGTTTTCGCCGgAAAcTGAGGGACGTTCGGAGTCGCT | | ¥ | ||¥ | |¥ || | ¥ | | |¥ ¥ || ¥ 2321 2332 2339 2347 2358 2370 2379 2392 2327 2338 2349 2358 2372 2393 2338 2352 2379 2353 2358 2358 HinP I Mse I Hha I Alu I Hph I | | | | CCGAATATATCGGTTATGCGTGGGCGATGGTTGTTGTCATTGTCGGCGCAACTATCGGTATCAAGCTGTTTAAGAAATTC 2480 GGCTTATATAGCCAATACGCACCCGCTACCAACAACAGTAACAGCCGCGTTGATAGCCATAGTTCGACAAATTCTTTAAG ¥ ¥ ¥ ¥ | ¥ ¥ | | |¥ 2446 2464 2479 2446 2470 Mae I Sau3A I Mbo I Bsp1286 I Dpn I Alu I Ban II Alw I Taq I HinD III BstY I Xba I Mnl I Alu I Taq I Taq I Taq I Spe I Mae I | | | || | | | | || || || ACCTCGAAAGCAAGCtaaAGCttatcgagcccgcctaatgagcgggcttttttttcgataccgtcgagatccactagttc 2560 TGGAGCTTTCGTTCGattTCGaatagctcgggcggattactcgcccgaaaaaaaagctatggcagctctaggtgatcaag | | ¥ | ||¥ | | ¥ ¥ ¥ | ¥ | || ¥ || || 2482 2493 2505 2535 2544 2553 2560 2484 2498 2547 2559 2499 2507 2548 2507 2548 2548 2548 2554 Sau3A I Mbo I Dpn I Bgl I Alw I Fnu4H I Nla IV Bbv I HinP I BstY I HinP I Hha I BamH I Hinf I Hha I BstU I Alw I Xmn I Fsp I Hga I Fnu4H I || | | || | | | || | tagaaaggatccgatagaaaggatTCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCGAATGGGACGCGCCCTGTAGCG 2640 atctttcctaggctatctttcctaAGCGGGAAGGGTTGTCAACGCGTCGGACTTACCGCTTACCCTGCGCGGGACATCGC || ¥ | ¥ | ¥ ¥ || | | ¥ ¥ | || ¥ | ¥ 2567 2577 2602 2625 2638 2567 2582 2603 2627 2567 2603 2628 2567 2605 2628 2568 2605 2568 2608 2568 2568 Fnu4H I Fnu4H I Bbv I BstU I HinP I Mae I Mse I Hha I HinP I HinP I HinP I HinP I BstU I Hha I Hha I Hha I Hha I Mae III Mae III Hae II Hae II | | ||| | || | | || | || GCGCATTAAGCGCGGCGGGTGTGGTGGTTACGCGCAGCGTGACCGCTACACTTGCCAGCGCCCTAGCGCCCGCTCCTTTC 2720 CGCGTAATTCGCGCCGCCCACACCACCAATGCGCGTCGCACTGGCGATGTGAACGGTCGCGGGATCGCGGGCGAGGAAAG | | ||| ¥ | ¥|| | |¥ ¥ || ¥ | || ¥ ¥ 2641 2650 2667 2679 2697 2705 2641 2650 2671 2698 2706 2646 2672 2698 2706 2651 2672 2703 2652 2674 2674 Msp I Hpa II Nae I Nla IV Cfr10 I Bsp1286 I Mbo II Mae II Alu I Ban II Nla IV | | || | || | GCTTTCTTCCCTTCCTTTCTCGCCACGTTCGCCGGCTTTCCCCGTCAAGCTCTAAATCGGGGGCTCCCTTTAGGGTTCCG 2800 CGAAAGAAGGGAAGGAAAGAGCGGTGCAAGCGGCCGAAAGGGGCAGTTCGAGATTTAGCCCCCGAGGGAAATCCCAAGGC | ¥ ¥ | ¥|| ¥ | ¥ ¥|| ¥ | ¥ 2725 2745 2768 2781 2794 2751 2781 2751 2782 2752 2752 Taq I Mnl I Sau96 I Nla IV Mae II Ban I Hph I Dra III Hae III | | | | || || ATTTAGTGCTTTACGGCACCTCGACCCCAAAAAACTTGATTAGGGTGATGGTTCACGTAGTGGGCCATCGCCCTGATAGA 2880 TAAATCACGAAATGCCGTGGAGCTGGGGTTTTTTGAACTAATCCCACTACCAAGTGCATCACCCGGTAGCGGGACTATCT ¥ | |¥| ¥ ¥ | ¥ || ¥ || ¥ ¥ 2815 2844 2854 2863 2815 2855 2819 2862 2821 Ple I Mme I Mae II Mae II Ple I Drd I Hinf I Mse I Hinf I Bsr I || | | | | | | CGGTTTTTCGCCCTTTGACGTTGGAGTCCACGTTCTTTAATAGTGGACTCTTGTTCCAAACTGGAACAACACTCAACCCT 2960 GCCAAAAAGCGGGAAACTGCAACCTCAGGTGCAAGAAATTATCACCTGAGAACAAGGTTTGACCTTGTTGTGAGTTGGGA ¥ || | | | | ¥ | ¥ | ¥ ¥ 2897 2904 2917 2926 2940 2898 2910 2926 2900 2904 Hae III Mse I Alu I Mse I | | | | ATCTCGGTCTATTCTTTTGATTTATAAGGGATTTTGCCGATTTCGGCCTATTGGTTAAAAAATGAGCTGATTTAACAAAA 3040 TAGAGCCAGATAAGAAAACTAAATATTCCCTAAAACGGCTAAAGCCGGATAACCAATTTTTTACTCGACTAAATTGTTTT ¥ ¥ ¥ ¥ | ¥ | ¥ | ¥ | ¥ 3005 3015 3025 3032 BstU I Mse I Mse I Mse I Ssp I | | | | | ATTTAACGCGAATTTTAACAAAATATTAACGCTTACAATTTAG 3083 TAAATTGCGCTTAAAATTGTTTTATAATTGCGAATGTTAAATC | | ¥ | ¥ | | ¥ ¥ 3043 3055 3062 3047 3066 Restriction Endonucleases site usage Aat II - Bsp1286 I 5 EcoR I - Mbo II 7 Rsa I 1 Acc I 1 BspH I 2 EcoR II 3 Mlu I 1 Rsr II - Afl II - BspM I - EcoR V - Mme I 3 Sac I - Afl III 2 BspM II - Esp I - Mnl I 15 Sac II - Aha II 1 Bsr I 11 Fnu4H I 21 Mse I 18 Sal I 1 Alu I 14 BssH II - Fok I 5 Msp I 11 Sau3A I 17 Alw I 13 BstB I - Fsp I 2 Nae I 1 Sau96 I 5 AlwN I 1 BstE II - Gdi II 3 Nar I - Sca I 1 Apa I - BstN I 3 Gsu I 1 Nci I 4 ScrF I 7 ApaL I 2 BstU I 13 Hae I 3 Nco I 1 Sec I 2 Ase I 3 BstX I - Hae II 4 Nde I 1 SfaN I 4 Asp718 - BstY I 8 Hae III 12 Nhe I - Sfi I - Ava I - Bsu36 I - Hga I 4 Nla III 8 Sma I - Ava II 2 Cfr10 I 2 HgiA I 3 Nla IV 11 SnaB I - Ava III - Cla I 1 HgiE II 1 Not I - Spe I 1 Avr II - Dde I 8 Hha I 21 Nru I - Sph I - Bal I - Dpn I 17 HinC II 3 Nsi I - Spl I - BamH I 1 Dra I 3 HinD III 1 Nsp7524 I 1 Ssp I 2 Ban I 2 Dra III 1 Hinf I 10 NspB II 4 Stu I - Ban II 2 Drd I 2 HinP I 21 NspH I 1 Sty I 1 Bbe I - Dsa I 1 Hpa I - PaeR7 I - Taq I 10 Bbv I 11 Eae I 3 Hpa II 11 PflM I - Tth111 I - Bbv II - Eag I - Hph I 9 Ple I 7 Tth111 II 3 Bcl I - Ear I 2 Kpn I - PmaC I - Xba I 1 Bcn I 4 Eco47 III - Mae I 7 PpuM I - Xca I - Bgl I 2 Eco57 I 2 Mae II 7 Pst I 1 Xho I - Bgl II - EcoN I - Mae III 13 Pvu I 1 Xma I - Bsm I - EcoO109 I - Mbo I 17 Pvu II 1 Xmn I 2 BsmA I 2 Enzyme Site Use Site position (Fragment length) Fragment order Acc I gt/mkac 1 2276( 3083) 1 Aha II gr/cgyc 1 375( 3083) 1 AlwN I cagnnn/ctg 1 1390( 3083) 1 BamH I g/gatcc 1 2567( 3083) 1 Cla I at/cgat 1 2075( 3083) 1 Dra III cacnnn/gtg 1 2854( 3083) 1 Dsa I c/crygg 1 2143( 3083) 1 Gsu I ctggag 16/14 1 826( 3083) 1 HgiE II accnnnnnnggt 1 1217( 3083) 1 HinD III a/agctt 1 2498( 3083) 1 Mlu I a/cgcgt 1 2338( 3083) 1 Nae I gcc/ggc 1 2751( 3083) 1 Nco I c/catgg 1 2143( 3083) 1 Nde I ca/tatg 1 2151( 3083) 1 Nsp7524 I r/catgy 1 1804( 3083) 1 NspH I rcatg/y 1 1804( 3083) 1 Pst I ctgca/g 1 2226( 3083) 1 Pvu I cgat/cg 1 544( 3083) 1 Pvu II cag/ctg 1 1982( 3083) 1 Rsa I gt/ac 1 434( 3083) 1 Sal I g/tcgac 1 2276( 3083) 1 Sca I agt/act 1 433( 3083) 1 Spe I a/ctagt 1 2553( 3083) 1 Sty I c/cwwgg 1 2143( 3083) 1 Xba I t/ctaga 1 2559( 3083) 1 Afl III a/crygt 2 1804( 534) 2 2338( 2549) 1 ApaL I g/tgcac 2 244( 1246) 2 1490( 1837) 1 Ava II g/gwcc 2 552( 222) 2 774( 2861) 1 Ban I g/gyrcc 2 963( 1852) 1 2815( 1231) 2 Ban II grgcy/c 2 2507( 274) 2 2781( 2809) 1 Bgl I gccnnnn/nggc 2 792( 1816) 1 2608( 1267) 2 BsmA I gtctc 1/5 2 80( 765) 2 845( 2318) 1 BspH I t/catga 2 76( 1008) 2 1084( 2075) 1 Cfr10 I r/ccggy 2 831( 1920) 1 2751( 1163) 2 Drd I gacnnnn/nngtc 2 1696( 1201) 2 2897( 1882) 1 Ear I ctcttc 1/4 2 122( 1804) 1 1926( 1279) 2 Eco57 I ctgaag 16/14 2 229( 1048) 2 1277( 2035) 1 Fsp I tgc/gca 2 691( 1911) 1 2602( 1172) 2 Sec I c/cnngg 2 1644( 499) 2 2143( 2584) 1 Ssp I aat/att 2 109( 2953) 1 3062( 130) 2 Xmn I gaann/nnttc 2 312( 2265) 1 2577( 818) 2 Ase I at/taat 3 740( 1235) 2 1975( 35) 3 2010( 1813) 1 BstN I cc/wgg 3 1644( 13) 3 1657( 121) 2 1778( 2949) 1 Dra I ttt/aaa 3 336( 692) 2 1028( 19) 3 1047( 2372) 1 Eae I y/ggccr 3 523( 1442) 2 1965( 175) 3 2140( 1466) 1 EcoR II /ccwgg 3 1644( 13) 3 1657( 121) 2 1778( 2949) 1 Gdi II yggccg -5/-1 3 523( 1442) 2 1965( 175) 3 2140( 1466) 1 Hae I wgg/ccw 3 1328( 452) 2 1780( 11) 3 1791( 2620) 1 HgiA I gwgcw/c 3 244( 85) 3 329( 1161) 2 1490( 1837) 1 HinC II gty/rac 3 2003( 232) 2 2235( 41) 3 2276( 2810) 1 Mme I tccrac 20/18 3 1430( 184) 3 1614( 1286) 2 2900( 1613) 1 Tth111 II caarca 11/9 3 1191( 6) 3 1197( 33) 2 1230( 3044) 1 Bcn I ccs/gg 4 379( 351) 4 730( 696) 3 1426( 759) 2 2185( 1277) 1 Hae II rgcgc/y 4 1560( 370) 3 1930( 767) 2 2697( 8) 4 2705( 1938) 1 Hga I gacgc 5/10 4 375( 750) 3 1125( 578) 4 1703( 922) 1 2625( 833) 2 Nci I cc/sgg 4 379( 351) 4 730( 696) 3 1426( 759) 2 2185( 1277) 1 NspB II cmg/ckg 4 278( 941) 2 1219( 245) 4 1464( 518) 3 1982( 1379) 1 SfaN I gcatc 5/9 4 225( 230) 3 455( 210) 4 665( 1052) 2 1717( 1591) 1 Bsp1286 I gdgch/c 5 244( 85) 5 329( 1161) 1 1490( 1017) 2 2507( 274) 4 2781( 546) 3 Fok I ggatg 9/13 5 464( 287) 4 751( 181) 5 932( 1063) 2 1995( 302) 3 2297( 1250) 1 Sau96 I g/gncc 5 552( 222) 3 774( 17) 5 791( 79) 4 870( 1992) 1 2862( 773) 2 Mae I c/tag 7 723( 335) 3 1058( 253) 4 1311( 1016) 2 2327( 227) 5 2554( 6) 7 2560( 143) 6 2703( 1103) 1 Mae II a/cgt 7 314( 373) 4 687( 416) 3 1103( 1642) 1 2745( 110) 5 2855( 43) 6 2898( 12) 7 2910( 487) 2 Mbo II gaaga 8/7 7 122( 109) 5 231( 78) 7 309( 755) 3 1064( 91) 6 1155( 771) 2 1926( 799) 1 2725( 480) 4 Ple I gagtc 4/5 7 917( 517) 3 1434( 471) 4 1905( 276) 5 2181( 198) 6 2379( 525) 2 2904( 22) 7 2926( 1074) 1 ScrF I cc/ngg 7 379( 351) 4 730( 696) 2 1426( 218) 5 1644( 13) 7 1657( 121) 6 1778( 407) 3 2185( 1277) 1 BstY I r/gatcy 8 269( 17) 6 286( 768) 3 1054( 12) 7 1066( 86) 4 1152( 11) 8 1163( 1384) 1 2547( 20) 5 2567( 785) 2 Dde I c/tnag 8 415( 540) 3 955( 166) 6 1121( 409) 4 1530( 604) 2 2134( 187) 5 2321( 26) 8 2347( 46) 7 2393( 1105) 1 Nla III catg/ 8 77( 393) 4 470( 36) 7 506( 78) 6 584( 10) 8 594( 491) 3 1085( 720) 2 1805( 339) 5 2144( 1016) 1 Hph I ggtga 8/7 9 197( 15) 9 212( 226) 6 438( 396) 3 834( 227) 5 1061( 1189) 1 2250( 102) 8 2352( 127) 7 2479( 365) 4 2844( 436) 2 Hinf I g/antc 10 917( 517) 2 1434( 396) 3 1830( 75) 8 1905( 65) 9 1970( 211) 5 2181( 198) 7 2379( 203) 6 2582( 322) 4 2904( 22)10 2926( 1074) 1 Taq I t/cga 10 262( 1444) 1 1706( 285) 3 1991( 85) 7 2076( 201) 6 2277( 207) 5 2484( 21) 9 2505( 30) 8 2535( 9)10 2544( 277) 4 2821( 524) 2 Bbv I gcagc 8/12 11 495( 366) 4 861( 328) 5 1189( 206) 6 1395( 3)11 1398( 65) 9 1463( 419) 3 1882( 18)10 1900( 81) 7 1981( 624) 2 2605( 69) 8 2674( 904) 1 Bsr I actgg 1/-1 11 266( 175) 6 441( 264) 5 705( 43)10 748( 118) 7 866( 406) 4 1272( 117) 8 1389( 13)11 1402( 852) 1 2254( 48) 9 2302( 638) 2 2940( 409) 3 Hpa II c/cgg 11 379( 242) 5 621( 110) 8 731( 67) 9 798( 34)10 832( 404) 4 1236( 190) 6 1426( 26)11 1452( 147) 7 1599( 587) 2 2186( 566) 3 2752( 710) 1 Msp I c/cgg 11 379( 242) 5 621( 110) 8 731( 67) 9 798( 34)10 832( 404) 4 1236( 190) 6 1426( 26)11 1452( 147) 7 1599( 587) 2 2186( 566) 3 2752( 710) 1 Nla IV ggn/ncc 11 27( 590) 3 617( 211) 6 828( 41) 8 869( 94) 7 963( 772) 2 1735( 39) 9 1774( 793) 1 2567( 215) 5 2782( 12)11 2794( 21)10 2815( 295) 4 Hae III gg/cc 12 524( 267) 5 791( 80)10 871( 458) 3 1329( 434) 4 1763( 18)11 1781( 11)12 1792( 174) 8 1966( 175) 7 2141( 231) 6 2372( 491) 2 2863( 142) 9 3005( 602) 1 Alw I ggatc 4/5 13 269( 18)10 287( 303) 4 590( 464) 3 1054( 13)11 1067( 85) 7 1152( 12)12 1164( 74) 8 1238( 835) 1 2073( 285) 5 2358( 190) 6 2548( 19) 9 2567( 1)13 2568( 784) 2 BstU I cg/cg 13 24( 332) 5 356( 493) 2 849( 330) 6 1179( 581) 1 1760( 198) 8 1958( 2)13 1960( 355) 4 2315( 24)10 2339( 288) 7 2627( 24)11 2651( 20)12 2671( 376) 3 3047( 60) 9 Mae III /gtnac 13 256( 188) 6 444( 153) 7 597( 58)10 655( 331) 3 986( 283) 5 1269( 116) 8 1385( 63) 9 1448( 803) 1 2251( 54)11 2305( 48)12 2353( 314) 4 2667( 12)13 2679( 660) 2 Alu I ag/ct 14 562( 63)11 625( 100) 9 725( 521) 2 1246( 257) 5 1503( 46)12 1549( 90)10 1639( 226) 7 1865( 118) 8 1983( 481) 3 2464( 29)13 2493( 6)14 2499( 269) 4 2768( 257) 6 3025( 620) 1 Mnl I cctc 7/7 15 550( 206) 7 756( 130) 8 886( 81)10 967( 400) 2 1367( 267) 5 1634( 57)11 1691( 226) 6 1917( 33)13 1950( 370) 3 2320( 12)15 2332( 17)14 2349( 43)12 2392( 90) 9 2482( 337) 4 2819( 814) 1 Dpn I ga/tc 17 234( 36)11 270( 17)14 287( 258) 5 545( 46)10 591( 18)13 609( 341) 3 950( 105) 7 1055( 12)15 1067( 78) 8 1145( 8)17 1153( 11)16 1164( 75) 9 1239( 835) 1 2074( 284) 4 2358( 190) 6 2548( 20)12 2568( 749) 2 Mbo I /gatc 17 234( 36)11 270( 17)14 287( 258) 5 545( 46)10 591( 18)13 609( 341) 3 950( 105) 7 1055( 12)15 1067( 78) 8 1145( 8)17 1153( 11)16 1164( 75) 9 1239( 835) 1 2074( 284) 4 2358( 190) 6 2548( 20)12 2568( 749) 2 Sau3A I /gatc 17 234( 36)11 270( 17)14 287( 258) 5 545( 46)10 591( 18)13 609( 341) 3 950( 105) 7 1055( 12)15 1067( 78) 8 1145( 8)17 1153( 11)16 1164( 75) 9 1239( 835) 1 2074( 284) 4 2358( 190) 6 2548( 20)12 2568( 749) 2 Mse I t/taa 18 337( 365) 3 702( 39)11 741( 235) 6 976( 53) 9 1029( 14)14 1043( 5)18 1048( 52)10 1100( 876) 1 1976( 35)12 2011( 459) 2 2470( 176) 7 2646( 271) 5 2917( 98) 8 3015( 17)13 3032( 11)16 3043( 12)15 3055( 11)17 3066( 354) 4 Fnu4H I gc/ngc 21 171( 229) 6 400( 95)12 495( 27)16 522( 339) 2 861( 328) 3 1189( 206) 7 1395( 3)20 1398( 65)14 1463( 143)10 1606( 155) 9 1761( 118)11 1879( 3)21 1882( 18)18 1900( 81)13 1981( 158) 8 2139( 231) 5 2370( 235) 4 2605( 33)15 2638( 14)19 2652( 22)17 2674( 580) 1 Hha I gcg/c 21 23( 332) 5 355( 337) 4 692( 93)12 785( 393) 2 1178( 109)10 1287( 174) 7 1461( 100)11 1561( 67)13 1628( 270) 6 1898( 33)14 1931( 28)15 1959( 357) 3 2316( 130) 9 2446( 157) 8 2603( 25)17 2628( 13)19 2641( 9)20 2650( 22)18 2672( 26)16 2698( 8)21 2706( 400) 1 HinP I g/cgc 21 23( 332) 5 355( 337) 4 692( 93)12 785( 393) 2 1178( 109)10 1287( 174) 7 1461( 100)11 1561( 67)13 1628( 270) 6 1898( 33)14 1931( 28)15 1959( 357) 3 2316( 130) 9 2446( 157) 8 2603( 25)17 2628( 13)19 2641( 9)20 2650( 22)18 2672( 26)16 2698( 8)21 2706( 400) 1 484 sites found 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